广州中医药大学第三附属医院芳村分院，原名广州市芳村区中医医院，于2001年12月与广州中医药大学附属骨伤科医院合并，成为广州中医药大学第三附属医院的一部分。医院在加强医院环境改造和改善服务质量的同时，加强学科建设，积极引进人才，增加专科专病科室，发展中医特色，扩大诊疗范围，医疗服务质量迅速提高，目前已成为一所在当地颇有影响、深受群众喜爱和信赖的医院，已建设成为一所技术力量雄厚，医疗设备齐全，科室设置完善的综合性中医医院。
医院位于广州市芳村大道西，就诊环境舒适、宽敞、明亮，业务用房面积达六千平方米。本院现有教职工200余名，副高以上职称20名，博士、硕士20多人，设立有急诊科、内科、外科、骨伤科、妇科、儿科、针灸理伤科、口腔科、眼耳鼻喉科、皮肤科等临床科室，临床医技科室设有放射科、检验科、B超心电图室、脑电图室、胃镜室、阴道镜室等，专科设置有心血管专科、神经专科、呼吸专科、消化专科、乙肝专科、糖尿病专科、中医杂病专科、乳腺专科、肛肠专科、碎石室等。医院设有内科综合病区、骨外科病区(包括手术室)两个病区，开放床位100张。医院卫防科，承担石围塘地区的社区服务中心工作，负责该地区居民的儿童免疫、预防保健、健康教育及体检工作。
芳村分院是广州中医药大学硕士生培养点之一，接收多所学校毕业生临床实习，承担多项省市级科研课题研究工作。