南通市肿瘤医院始建于1972年，是国内创建最早、规模少有的地市级肿瘤专科医院，编制床位600张。全院1000余名职工中，有专业技术人员700余名，其中高级专业技术人员164名，中级专业技术人员421名。
南通市肿瘤医院集医、教、研于一体，系南通大学附属肿瘤医院、南通市第五人民医院、苏州大学教学医院、南京医科大学教学医院，也是卫生部认定的“全国百万妇女乳腺病普查工程”定点医院之一。医院由南院和北院两个部分组成，北院位于通州市平潮镇，年住院病人10000余人次；南院位于南通市中心，其前身是南通港口医院。院内附设有南通市肿瘤研究所、南通市肿瘤放疗中心、南通市肿瘤化疗中心、南通市病理诊断中心。病理科为南通市医学重点学科，内科、妇科、放疗科为南通市临床重点科室，肝胆肿瘤科为南通市临床重点建设专科，麻醉科为徐州医学院麻醉学硕士研究生培训点。
南通市肿瘤医院全面拥有手术、放疗、化疗（含介入治疗）、微创治疗、同位素治疗、生物治疗、中西医结合治疗等综合治疗手段。拥有国内一流的洁净手术室、百级层流病房，拥有各类肿瘤诊疗设备1300余台（套），如X-刀、伽玛刀、超声刀、直线加速器、东芝模拟机、螺旋CT、ECT、核磁共振、超声波碎石机、卫生部配备的肿瘤专用健康体检车等，对各种肿瘤的诊治在省内处于领先水平，在国内具有一定的影响。全国有25个省（市）的肿瘤患者慕名前来就诊，建院近40年来，先后已有350多万名患者来院就诊，收治各类肿瘤病人30余万人次。
全新的南通市肿瘤医院的发展定位是地处上海北翼的具有肿瘤专科特色的国内一流的现代化医院。