前身是1922年成立的远近闻名的吴满福跌打医馆，50年代公私合营由多家私人诊所合并成集体所有制联合诊所，随后先后易名为普君医院、朝东卫生院、朝东医院;1972年正式挂牌成为公有制的佛山市人民医院，1982年更名为佛山市第一人民医院，1983年地、市行政区域合并后，又更名为佛山市第二人民医院，至今已有90年的历史。
1991年通过评审成为全国首批二级甲等综合医院;2000年通过全国高等医学教学医院的评审，内、外、妇、儿、眼、耳鼻喉、麻醉等科室成为广东省临床住院医师规范化培训基地;2003年由市政府下文增挂另一个牌“佛山市便民医院”，赋予承担低保病人的救治任务;2010年11月，获国家人力资源和社会保障部批准设立博士后科研工作站;2010年12月，以较优良的成绩顺利通过高等医学院校非直属附属医院的评审，成为南方医科大学附属佛山医院;2011年7月，正式成为三级甲等医院。
医院规模
医院目前占地面积23000平方米，医疗建筑用房51000平方米。编制床位838张。全院现有工作人员1179人，其中专业技术人员1030人，正高职称59人，副高职称119人，初中级职称852人，博士13人，硕士88人。设职能科室15个，临床科室46个(其中一级临床科室18个，二级临床科室28个)、医技科室15个。科室设置合理齐全，专科建设各具特色。近年来，医院的总体规模、水平、效益均取得了令人瞩目的成绩，实现了跨越式发展。2011年门诊人次175.49万，出院人数3.56万，业务总收入5.1亿多元，业务发展每年都有所递增。
医疗设备
医院设备先进、齐全，目前拥有万元以上医疗设备共948台，设备总价值达2.027亿多元，包括GE 16层螺旋CT、 GE 1.5T双梯度核磁共振系统、GE直接数字化X线摄影系统DR、西门子直接数字化X线摄影系统(DR)、美国GE Innova 3100-IQ数字化平板血管造影机(DSA)、高档菲利普IE33实时三维心脏彩色多普勒超声诊断仪、西门子彩色多普勒四维超声诊断仪、高档大型全自动生化分析仪、法国梅里埃全自动微生物鉴定分析系统、日本希森美康全自动血液分析流水线系统、全自动化学发光免疫分析仪、数字遥测心电监护系统、史托克SⅢ人工心肺机、日本奥林巴斯高清晰电子腹腔镜及宫腔镜系统、德国史赛克HD 1288高清晰腹腔镜系统、日本奥林巴斯高清电子鼻咽喉镜、德国鹰视准分子激光治疗仪、光学相干断层扫描仪(OCT)、德国蔡司多波长激光仪、德国蔡司眼前节联合分析仪、德国罗兰电生理传统多焦一体机、全球数字化曲面断层全景X光机、施乐辉多功能射频气化等离子手术系统等一大批国际领先的医疗设备。
学科建设
医院坚持“科技兴院”的发展方针，实施重点学科建设。目前我院有6个重点(特色)专科：中西医结合耳鼻咽喉科为广东省中医药局“十二五”重点专科建设单位，也是佛山市首批特色专科;眼科为佛山市首批重点专科;心内科为佛山市首批特色专科;2010年通过评审，检验科、口腔修复科成为新的“十二五”特色专科。
眼科中心是市级首批重点专科，也是我院重点打造的专科，医疗用房5000m2，拥有病床100张，手术室5间，以技术精良、设备先进而闻名于省内外，在珠江三角洲地区享有很高的声誉。每年的门诊量超过11万人次，手术量达到4500台，在省内眼科名列前茅，同时在国内眼科界也具有一定的知名度，不少港澳同胞及省外患者慕名前来就诊。
心脏中心下设心脏综合病区(CCU、心脏介入诊疗中心、心脏功能检查室)、心脏一科、心脏二科、心脏三科、心脏外科、心电图室及心脏中心专科门诊。拥有病床200多张，具有国内一流的先进设备和雄厚的技术力量。开展高血压、冠心病、心律失常、心力衰竭、结构性心脏病等临床诊疗，而冠心病的急性冠脉综合征的血管成形术、心律失常的射频消融术、安装永久起搏器、ICD、CRT术以及主动脉瘤大支架隔绝术等心脏介入治疗是该科的特色，尤其是“急性心肌梗死绿色通道”的开展为本市及周边地区挽救了不少心脏病患者的生命。
中西医结合耳鼻咽喉科为我院首个省级重点专科建设单位，也是我市首批特色专科。是一个以鼻窦内窥镜技术、耳显微外科技术、头颈肿瘤为龙头的全方位发展的重点建设专科，在科主任陈舒华主任医师的带领下，医疗水平不断提高，技术精益求精，在中西医结合治疗耳鼻咽喉科疾病形成品牌，尤其在中西医结合防治鼻咽癌、分泌性中耳炎、慢性咽炎等疾病方面特色明显，先后获得国家自然科学基金项目资助2项，广东省中医药局课题4项，获得佛山市科学技术奖励二等奖4项，在省内外享有较高的知名度。
“十一五”期间，医院共获科研课题107项，其中省部级1项，市级重点7项，厅市级62项;市级科技成果奖励共20项。出版专著5部，发表学术论文568篇，其中SCI2篇，中文核心140篇，科技核心76篇，一般期刊351篇。近十年共获得科研经费156.8万元。
“十二五”开局之年，我院以南方医科大学为依托，首次获得国家自然科学基金课题1项，获得资助经费57万元，居市直医院国家级课题经费支持额度之首，实现了我院国家级课题“零”的突破;并与南方医科大学合作，以院长李蜀光博士后为项目负责人，成功申报佛山市产学研项目“重大疾病(恶性肿瘤)分子分型和个体化诊疗创新平台建设及产品开发研究”，获得经费20万元;同时获得科技厅立项2项，获经费6万元。我院2011年度获得立项的国家自然科学基金、广东省科技厅、广东省卫生厅、广东省中医药局、佛山市科技局等总计立项课题30项，科研经费共91万元，超过前10年科研经费总和的一半;同时，2011年获得佛山市科学技术奖励一等奖1项，二等奖1项，三等奖1项。
亮点工程
(一)优质服务工程
医院自08年开始在全院全面开展“创优质服务品牌”活动。几年来，通过美化服务环境，改善服务设施，强化服务培训，规范服务行为，创新服务模式，优化服务流程，完善服务制度，规范服务管理，加强服务质量的监控，持续改进服务质量，打造了具有特色的服务文化。舒适的就医环境、精湛的医疗技术、规范的诊疗行为、优质的医疗服务赢得了广大患者和社会各界的肯定和认可。2010年9月，在佛山市卫生局组织的“佛山市市属8家医院外部客户满意度调查”中，我院以排名第一的佳绩摘得医院综合服务满意度桂冠，是市直医院中唯一门急诊满意度达到满意的医院。
(二)信息化建设工程
从2003年起，医院按照“超前引领，总体规划，分步实施，建设以病人信息为主线的医疗信息资源一体化平台”的建设目标，经过多年的不懈努力，目前已建成的医疗信息资源平台有：门急诊管理系统、住院管理系统、电子病历、检验系统、影像管理系统、药品管理系统、医技管理系统、手术麻醉系统、ICU危重监护系统、办公自动化系统、成本核算系统、管理(药品)监控系统等二十多个功能模块。初具规模的局域网络和数据中心，实现了医疗业务流程的信息化支撑，积累了大量诊疗业务信息，使医院率先在佛山上传较全面的区域卫生平台数据，完成了市民健康卡业务试点。医院信息化的建设和使用，大大简化和优化了服务流程，使数字化医院建设初见成效，被佛山市选定为信息化试点单位。
医院荣誉
1、佛山市企业博士后站临床综合实验室、广东医学院硕士研究生联合培养基地、佛山市眼科研究所、佛山市防盲办公室、佛山市低视力康复指导站、广东省创伤救治科研中心创伤骨科、中国康复医学会广东修复重建委员会等均设在我院;
2、2008年、2009年、2010、2011年连续四年获得“市直医疗卫生单位综合目标管理责任制考评先进单位”的殊荣;
3、2010年8月，荣获“全国百佳优质示范品牌医院”称号;
4、2010年10月，荣获“佛山市扶贫工作先进单位”称号;
5、2011年1月，荣获“扶贫双到和卫生帮扶工作特别贡献奖”;
6、2011年1月，荣获“2010年中国医院信息化先进单位”，并获得“2010年中国医药卫生信息(信息化先进单位)金鼎奖”;
7、2011年6月，荣获“全国百佳三好一满意示范医院”、“全国优质服务管理创新示范医院”称号。