哈尔滨市疾病预防控制中心成立于2003年，是由原哈尔滨市卫生防疫站、哈尔滨市职业病防治院、哈尔滨市地方病防治站和哈尔滨市健康教育所四家单位合并组建而成。是政府设置的实施疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务的公益性事业单位，是全市疾病预防控制和卫生检验检测的技术指导与服务中心。
哈尔滨市疾病预防控制中心位于哈尔滨市道外区卫星路30号，占地面积2万平方米，建筑面积2万平方米。整体规划分为四个区，即办公区、实验区、附属区、消毒隔离区。其中办公区8层，实验区共6层。在实验区设置了4个P2（生物安全Ⅱ级）实验室和百级、千级、万级等共11个重点实验室。主要承担着全市疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处理、卫生检验、预防接种和健康体检工作。中心现有职工373人，其中大专以上学历279人（研究生20名、本科151名，大专108名）；有高级职称102人，中级职称 110人；专业技术人员达到82%。中心目前拥有各类先进的仪器设备达1530多台件，总价值2100多万元。如：气-质联用仪、原子荧光仪、原子吸收、气相色谱、高压液相、PCR、自动微生物分析仪等一大批国内外先进检测仪器，在承担各类与疾病预防控制业务相关检验任务的同时；还能够随时受理各种委托检测工作，为社会各界提供及时、准确的检验技术服务。