初起时多数丘疹，以后呈疣赘状生长，可呈大的有蒂菜花状，更多见有扁平、表面成尒乳头状的斑块桩，由于继发感染，分泌物常有难闻的臭味。
肛部hpv感染的自觉症状多不明显，有时可感肛周灼痛、瘙痒及压迫感等，肛部周围尖锐湿疣初发时可见少数微小淡红色丘疹，渐增大、增多，倾向融合或互相重叠，呈大小不等的菜花状、乳头状、蕈状或鹅冠状增殖，性质柔軟，部分皮损根部可有蒂。
因分泌物浸润表面可呈白色、污灰色、红色或有流血表现，颗粒间积有脓液、发出恶臭味。由于局部搔抓、摩擦，可使疣体破损、表面糜烂而出现渗液、流血和继发感染，同时疣体的增长尤为明显。
肛部尖锐湿疣的症状有很多，而要知道其性接触者可不发病，多数患者一般无症状，损害大小及形状不等，可仅为数个，亦可为多数针头样大的损害：在阴肛部可长成大的肿瘤样物，有压迫感；有恶臭味；有时小的湿疣可出现阴部痛痒不适，病人可出现尿血和排尿困难；直肠内尖锐湿疣可发生疼痛，便血，而直肠内大的湿疣则可引起里急后重感。
男性患者好发于包皮系带、冠狀溝、包皮、尿道、肛部周围和阴囊，病初为淡红或污红色粟状大小赘生物，性质柔軟，顶端稍尖，逐渐长大或增多，可发展成乳头状或囊状，基底稍宽或有带，表面有颗粒。
在肛部部常增大，状如菜花，表面湿润或有流血，在颗粒间常积存有脓液，散发恶臭气味，搔抓后可继发感染，位于湿度较低干燥部位的生殖器疣，损害常小而呈扁平疣状，位于湿热湿润部位的疣常表现为丝状或乳头瘤状，易融合成大的团块，有严重肝病的患者湿疣可增大，妊娠可使湿疣复发或生长加快。
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