药粉碎机每次使用完成之后都必须的要进行清理工作，如果不进行清理就会残留一些药物与下一次粉碎的药品搀和，从而会影响药效，虽然对于清洗工作很麻烦，但是经常的进行清洗能够提高药效和工作效率。
对于中药粉碎机经常使用清理的方法，就是先用毛刷刷尽粉碎通道及相关部件上的药料 ，再用水冲洗。 这种常规清洗方法对通道中手触及不到的部位及一些死角无法洗净 ，时间久后 ，这些沾在死角上的粉尘药料就会生霉 ，从而影响药物的卫生学要求。
粉碎完药物后，断掉设备电源，打开粉碎膛门，取下环状筛板，用干毛刷简单将粉碎膛中的钢齿圆盘，粉碎室及出粉道中的药粉掏刷出来 ，再关上并拧紧膛门，出粉通道口下放，接一水桶或大口径水盆，再开大加料斗口，接通电源，启动粉碎机进行空转，从加料斗内加入干净的自来水进行冲洗。
此时加入的水流在机内圆盘的高速转动下，借助强烈的气流， 水流快速冲洗粉碎室及通道中的各个部件，最后机内水流经出粉通道口流入接水桶或盆内。
中药粉碎机在进行清洗工作的时候，必须的要进行的彻底，如果内壁有附带有粉末，必须的要进行清理工作，才能保证下一次的使用更有保障。
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