广州中医药大学第三附属医院由广州中医药大学附属骨伤科医院和芳村中医医院组成，是以中西医结合骨伤科为主体、相关专科配套、具有明显特色的，集医疗、教学、科研为一体的现代化中西医结合骨伤科医院。广州中医药大学第三临床医学院与第三附属医院实行院院合一的管理体制，是广州中医药大学重要的医疗、教学、科研基地。
医院现有职工约500人，现有病床数240张，广东省名老中医1人，国家“百、千、万人才培养对象”1人，国家“优秀中医临床人才”2人，广东省名中医培养对象1人，南粤优秀教师1人，博士生导师5人，硕士生导师27人，高级职称59名。具有研究生学历65名(硕士49名，博士16名)。第三临床医学院从1995年开始招收硕士研究生，1998年开始招收博士研究生，2002年开展博士后科研流动站工作，2005年开始招收本科生。迄今学院已培养毕业各类学生513人(学士353人、硕士110人、博士48人、博士后2人);目前在校生达697人(其中本科生627人、各类研究生70人)。
学院现有中医学专业(骨伤科学方向)学士学位授权学科专业1个;硕士学位授权学科专业11个：中医骨伤科学、中医内科学、中医妇科学、中医儿科学、中药学、社会医学与卫生事业管理、内科学、妇产科学;博士学位授权学科专业3个：中医骨伤科学、中医内科学、针灸推拿学;可招收中医骨伤科学和针灸推拿学的博士后进中医学博士后科研流动站。经过“十一五”建设，学院各项教学工作已基本走上稳步健康发展的轨道。
骨伤科医院(广州中医药大学骨伤科研究所)是一所集医、教、研为一体的、以骨伤科为主的省级专科医院，是国内中医院校唯一的大学附属骨伤科专科医院，是广州中医药大学硕、博士培养点、博士后流动站，是广东省公益二类事业单位、省市公伤定点医疗机构、广州市首批医保定点医疗机构。
骨伤科医院设有骨伤科、内科、妇科、针灸推拿科、急诊等一级临床科室和其他业务科室，下设关节骨科、创伤骨科、脊柱骨科、骨质疏松病、老年骨科、风湿病专科、血液肿瘤专科、心脑血管专科、呼吸专科等各类专科专病门诊10多个，开放病床140张。
住院部设关节骨科、创伤骨科、脊柱骨科、骨质疏松病和老年骨科四个专科病区，运用中西医治疗手段诊治各种骨折、关节脱位、股骨头坏死、骨质疏松症、骨关节病、腰椎间盘突出症、腰椎滑脱、颈椎病、各种痛症及软组织损伤等疾患。医院坚持把突出中医特色贯彻到临床治疗的每一个环节，先后研制出10多个骨伤科中药复方制剂，其中十味骨康口服液、温通膏、龙虎膏治疗跌打损伤，具有独到的临床疗效，蜚声省内外。
骨伤科医院始终瞄准中医骨伤科学发展前沿，秉承中医中药特色，不断突破自我，我院中医骨伤科是国家中医药管理局“十一五”重点专科建设项目，是国家“十一五”重点专科重点病种“骨质疏松症”全国协作组组长单位，突出专科特色，加强名院、名科、名医、名药(本院制剂)建设。2011年7月我院顺利通过国家中医药管理局专家组对我院骨伤科进行的国家“十一五”重点专科(专病)建设项目评审验收。我院关节病科等7个专科成为广东省“十二五”中医重点(特色)专科建设项目。
芳村分院是一所技术力量雄厚的综合性中医医院，是广州市医保定点医疗机构。
芳村分院设有内科、外科、骨伤科、妇科、儿科、急诊科、针灸推拿科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科等临床科室，下设心血管专科、神经专科、呼吸专科、消化专科、乙肝专科、糖尿病专科、冠心病专科、高血压专科、中风专科、中医杂病专科、乳腺专科、肛肠专科、泌尿外科、碎石专科等，并配有药剂科、放射科、检验科、B超室、心电图及动态心电图室、脑电图室、内窥镜室、阴道镜室等临床医技科室。医院设有内科综合病区、骨外科病区，开放床位100张。大学城校区门诊部负责我校大学城校区学生和教职工的门急诊诊疗、免疫及健康体检工作。