海军上海保障基地医院的前身为海军上海基地门诊部，最早成立于1951年2月，当时为海军东海舰队门诊部，是海军最早的医疗单位之一，1969年10月因舰队机关迁至宁波，门诊部一分为二，留上海部分列为上海基地门诊部。2003年12月编制体制调整，基地门诊部更名为海军上海保障基地医院。
海军上保障基地医院是承担海军上海部队及周边居民的医疗、预防、保健及康复任务的二级甲等综合性医疗，为上海市医保定点单位，虹口区质量管理先进单位，海军计划生育优生优育服务中心。我们力求以精湛的医术、热情周到的服务、舒适优美的就医环境、合理的收费标准，服务社区，服务大众。