生殖道沙眼衣原体感染是一种常见的性传播疾病。沙眼衣原体引起的疾病范围广泛，可累及眼、生殖道和其他脏器。在女性，引起的疾病包括有和无症状的宫颈炎、急性输卵管炎，并可继发不孕。在男性，引起的疾病包括有和无症状的尿道炎和急性附睾炎。
男女两性均可发生衣原体直肠炎，由于生殖道感染而引发的反应性关节炎(Reiter病）。眼部感染轻则为包涵体结膜炎和穿通性角膜炎，重则为致盲性沙眼。沙眼衣原体也可导致母婴传播，感染的母亲所生婴儿可无症状，亦可发生衣原体眼炎和衣原体炎。
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