甘孜州藏医院成立于1984年，是集藏医医疗、教学、科研、制药为一体的全民所有制综合性民族医院，是全州藏医药业务技术指导中心、四川省藏医医院制剂中心、藏医药人才培训、实习基地和甘孜州医保定点医院。
甘孜州藏医药研究所于1999年经甘孜州编委批准成立，与甘孜州藏医院实行两块牌子一套人马的体制。人员编制70人，设置病床50张，占地面积8.8亩，房屋建筑面积6100㎡，其中：业务用房3400㎡；职工生活用房2700㎡。
甘孜州藏医院现有正式职工68人、临时职工10余人，其中卫生技术人员58人，藏药生产加工技术人员10人。在卫生技术人员中具有正高技术职称的2人，副高技术职称的7人，中级技术职称的24人，初级技术职称的25人。
其中享受国务院特殊津贴的主任、副主任藏医师3名，有4人荣获四川省首届和第二届名中医称号、3人荣获甘孜州名中藏医称号。具有医药学硕士研究生学历的1人，大学本科学历的2人，大学专科学历的25人，中专学历的29人。医院拥有普通B超、胃镜、心电图机、动态血压监护仪等诊疗设备及制药设施。
科室设置有：院办公室、财务科、医务科、教务科、总务科、药剂科、门诊部、住院部等八个科室。临床科室设置有藏医内科、外科、妇科、胃病及肝胆、心脑血管疾病专科、药浴室、中医科、西医科。辅助科室开设有“B超”、“胃镜”、“心电图”室等科室。
甘孜州藏医院、甘孜州藏医药研究所在继承和发展藏医药学的工作中，运用藏医药学理论和临床实践在治疗胃、肠、肝胆、风湿、类风湿、心脑血管疾病和中风、瘫痪、糖尿病、肾病等方面具有独特的治疗方法和显著的临床疗效，深受广大患者的欢迎，治愈了大批的门诊和住院患者，年平均诊疗各类病人4万余人次。
在藏医药人才培养工作中，由医院派师资及办班，先后培养藏医大中专人才350余名，培训各类藏医技术人才400余名，为名老藏医药专家配备学术继承人，已培养出藏医药学术经验继承人2人、省级10人。
在科研工作中，挖掘整理了大量的藏医药古籍文献，并先后承担国家科研课题1项、四川省科研课题3项、甘孜州科研课题4项，研究开发的治疗类风湿疾病的国家中药三类新药“藏药然降多吉胶囊”，历经6年的研究已获国家药监局临床研究批文，现即将完成Ⅲ期临床试验工作。完成了“十五味黑药丸”、“八味蒂达丸”两种常用藏成药的剂型改造，并对母本藏药“仁青佐塔”中汞的作用特点和安全性进行了研究。
研究结果显示：“佐塔”长期使用，对肌体无明显的毒副作用，对肌体的一般状态、生长发育、血液指标、肝肾功能等主要脏器的组织学结构都无明显影响，安全性较好，为藏医在临床长期使用“佐塔”提供了可靠的试验数据和科学依据。2003年4月，该课题通过了省专家组的鉴定，获得了四川省人民政府科技成果三等奖。科研人员先后在各类刊物上发表学术文章60余篇。
在认真总结临床经验和我院名老藏医药专家经验方的基础上，充分利用高原特有的丰富藏药材资源，研究开发了然降多吉胶囊、溶脂胶囊、十五味黑药胶囊、藏补王、藏肤霜、五味景天胶囊、佐塔德子玛等藏药新制剂。
在藏药制药工作中，按照藏医药理论和传统加工工艺及技术，成功研制生产了名贵藏成药17种，常用藏成药250余种，保证了藏医临床用药和科研工作的需要。由于我院生产的各种藏成药以临床疗效好，质优价廉，受到了广大患者的欢迎，赢得了一定的市场，收到了较好的社会和经济效益。
突出藏医药特色，发挥藏医药优势，为广大患者提供优质的藏医药服务是我院的办院方向和宗旨。在上级党委、政府的正确领导下，在上级卫生行政主管部门的关心支持下，医院全体员工齐心协力，团结拼搏，扎实工作，现已达到《四川省藏医院建设标准》创建达标藏医院，并先后荣获了四川省中医管理局科技先进单位、民族地区中藏医药人才培养先进单位、甘孜州文明单位和四川省级卫生先进单位等称号，科研工作获政府奖励。
甘孜州藏医院、藏医药研究所全体员工将在上级党委、政府和卫生行政主管部门的领导下，与时俱进，开拓创新，加快藏医药事业的继承与发展，为实现全面建设小康社会的目标和我州经济社会发展的新跨越做出积极的贡献。