中国人民解放军第二军医大学第三附属医院(东方肝胆外科医院，东方肝胆外科研究所)，是在我国肝胆外科开拓者、著名肝胆外科专家、中国科学院院士吴孟超教授领导下，从 1956 年成立肝胆外科三人小组开始，经过50多年的自力更生、艰苦奋斗、奋发图强、勇攀高峰，由一个小组发展到集医、教、研为一体的院所合一、国内唯一的专科医院。已成为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，全军重点研究所，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市临床医学中心。 1993 年 5 月，原中共中央总书记、国家主席、中央军委主席江泽民亲笔提写院名、所名。1996 年12 月被总后勤部批准为“三级甲等”专科医院。现拥有742张床位和先进的仪器设备，价值超2亿元。
东方肝胆外科医院长期坚持医、教、研相结合，在原发性肝癌的早期诊断和治疗，中晚期肝癌的综合治疗，原发性肝癌术后抗复发治疗，肿瘤的免疫治疗、介入治疗，复杂胆道疾病的手术治疗，肝胆疾病的内窥镜治疗以及肝移植等方面均居国内外先进水平。不仅采用传统的外科手术治疗方法，还采取了细胞治疗、微波方法、射频方法、氩氦刀方法、激光光敏技术、肝内肿瘤酒精注射疗法和经股动脉至肝动脉插管加栓塞疗法等。
全年门诊量16万余人次，出院2.3万余人次，手术例次7000余人次。至2011年底，吴孟超院士率领同事们已成功实施肝脏切除术2万余例，胆道手术1万余例，积累了国际上最大宗的肝癌病例库和标本库，手术成功率达98.5%，肝癌术后5年总体生存率53.2%，小肝癌术后5年生存率79.8%。术后生存时间最长的已达46年，患者至今健在。肝癌切除例数、切除率、生存率等指标均处于国际领先水平。1996 年成功施行肝移植 5 例，最小的病人年仅 9 岁。其中3例均健康生活至今，有的已大学毕业。目前肝移植已成为该院常规治疗方法之一。
东方肝胆外科医院拥有一支由吴孟超院士领衔，以拔尖中青年为骨干的优秀科技干部队伍，现有中国科学院院士1名，中国工程院院士1名，博士生导师26名，硕士生导师48名，高级职称90名。1978 年以来，共培养博士后22 名，博士研究生112名，硕士研究生223名，并承担外国留学生、本科、大专、中专等教学任务，多年来还为全国各地培养进修生千余名，是国内培养肝胆外科高层次人才的教学基地。1996 年 1 月，中央军委授予吴孟超院长“模范医学专家”荣誉称号。近年来，医院有1 人入选长江学者奖励计划特聘教授，2 人入选国家“百千万”人才工程，1 人获中国有突出贡献博士，2人获全国“巾帼建功”标兵，2人获全军“育才奖”金奖，17人获全军“育才奖”银奖，2 人获总后“一代名师”、6人当选总后科技“金星”、“银星”、“新星”人才，4人获上海市“科技精英”称号，5人获上海市“银蛇奖”，1人获“上海教育功臣”荣誉称号，1人获军队专业技术重大贡献奖，8人享受政府特殊津贴。
1996年至今，医院共获国家最高科学技术奖1项，国家自然科学二等奖1项，军队科技进步一、二、三等奖 12 项，军队医疗成果一、二、三等奖 44项，上海市科技进步一、二、三等奖 15 项，中华医学科技二等奖、三等奖各1项，上海市医学科技奖一、二、三等奖 11 项，上海市医疗成果一等奖、三等奖各1项。陈嘉庚医学奖 1 项，何梁何利基金奖 2 项。在研课题150项，资助经费13000万元。举办各类国际、全国学术会议三十余次。
东方肝胆外科医院在院长吴孟超院士的领导下，为我国肝胆外科事业的发展作出了重大贡献。早在 20 世纪 50 年代，吴孟超等人制作和研究了 200 余例我国正常人肝脏标本，首次独创性地提出了中国人肝脏解剖的新见解，创立了以“五叶四段”为特色的肝脏外科解剖理论，为肝脏外科的开展奠定了重要的解剖学基础。 60 年代初期，他发明了简便、安全的肝脏外科手术新方法——常温下间歇肝门阻断切肝法，明显减少了肝脏手术出血，大大缩短了肝脏手术时间。 1963 年，吴孟超采用了常温下间歇肝门阻断法实施中肝叶切除术获得成功，成为肝脏外科的一大突破，进一步提高了肝癌及其他肝脏病症的外科疗效。1975 年，吴孟超成功地切除了迄今为止世界上最大的重达 18 公斤的特大肝海绵状血管瘤，并发明了捆扎治疗血管瘤的新方法，使外科治疗肝海绵状血管瘤的成功率达到 100%。他还创立了用肝动脉插管、栓塞、结扎的方法治疗不能切除的肝癌，在中、晚期肝癌治疗上取得了明显疗效。他曾带领课题组在上海开展了 18 万人次的高危人群肝癌普查，研究早期发现肝癌，使许多早期肝癌病人得到及时发现和治疗，并使临床确诊率提高到 90% 以上。吴孟超教授还提出了两个重要观点，即肝癌切除后复发再手术和肝癌二期手术。肝癌切除后复发再手术次数最高达 5 次;采用肝动脉阻断使不能手术切除的大肝癌缩小后，再行二期切除，疗效较佳。他又在我国首先采用了常温下无血切肝术，再次提高了手术成功率。其后，他又开展了小儿肝脏外科研究，成功地为 12 例 4~12 个月婴儿切除了重达800 ～ 1300克的巨大肝母细胞癌，除 1 例术后 2 年死亡外，其余患儿均健存，其中一例现已29岁。他还不间断地开展了半离体肝切除术、等离子手术刀、微波治疗肝癌、免疫综合疗法、单克隆抗体导向定位诊断和导向治疗、顺铂微球化疗等一系列新技术、新方法，并开始提出免疫化学治疗的新观念和治疗措施。进入 90 年代后，吴孟超教授又带领他的学生们开始与国外联合研究肝癌免疫治疗这一重大项目，并于 1993 年底获重大进展，研制出可使免疫系统识别并杀死肝癌细胞的新型疫苗，这种疫苗在大鼠体内实验成功。同时，他继续开辟肝脏手术的新领域，成功地开展了高难度的腹腔镜下肝癌、肝海绵状血管瘤切除术、肝破裂修补术和肝动脉结扎术，均为世界首例。
吴孟超教授领导的东方肝胆外科研究所作为军队科研、医学和教学的中心， 1979 年、1981年分别被批准为国家恢复研究生制度后的第一批硕士、博士授权点学科，1989年被批准为国家重点学科和军队开放实验室，1991年被批准为军队重点实验室和临床医学博士后流动站。研究所下设肿瘤免疫与基因治疗研究所、生物信号转导研究中心、分子肿瘤研究室、病毒与基因治疗实验室，同时承担了国家、军队和地方的许多重大科研课题，在肝胆外科及肝癌的基础和临床研究方面始终起着科研导向作用。
面对国际国内医学科学的迅速发展，医院抢抓机遇，投资12.99亿元的嘉定区安亭新院一期工程预计在2013年投入使用，该项目位于安亭镇墨玉北路700号，占地244亩，规划床位1500张(一期1000张)，总建筑面积22.28万平方米。投资建成的新院将成为一所科室齐全、专科特色鲜明的三级甲等综合医院。
同时，由国家发改委、上海市政府共同出资4亿余元，占地40亩的国家肝癌科学中心也将落户安亭，毗邻新院，目前该项目已正式启动，预计2013年投入使用。届时，中心将建设成为国家肝癌集成研究中心、国家肝癌研究优势资源产业平台、高层次肝癌研究人才培养基地、国家肝癌科学的公共服务平台、国家学术交流与合作中心。