医院又名福建省第二人民医院、福建中医药大学第二临床医学院，位于福州市五四路282号。医院1982年批准建立，1990年正式开诊，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性中医医院。为全国卫生系统先进集体、福建省精神文明单位、福建省平安医院，省、市、铁路等医保中心定点医疗机构，国家中医药管理局基层中医药适宜技术推广省级基地、中医药临床研究伦理审查评估平台。2017年被纳入国家中医药传承创新工程项目储备库，并被确定为福建省名优中医院建设单位。
现有院本部和东二环两个院区，占地面积75亩(其中自有面积50亩)，建筑面积7.6万㎡。2017年门诊量156万人次，年出院26277人次。医院编制床位1000张，开放728张。设临床科室32个、病区13个、医技科室12个、临床教研室13个、行政职能科18个。拥有64排螺旋CT、3.0T磁共振，以及具有中医特色的各种中医治疗设备如电动直立床、中药熏洗及熏蒸、全自动智能型温热牵引系统等大批先进的医疗仪器设备。
医院中医特色明显，有众多重点学科和重点专科。脾胃病科、神志病科为国家临床重点专科建设项目；脾胃病科为国家中医药管理局重点专科；中医脾胃医学中心为福建省高水平临床医学中心、医疗“创双高”项目；肾病科、肛肠科、神志病科、治未病科、护理学科为国家中医药管理局重点专科建设项目；脾胃病科、康复科、脑血管科、肾病科、呼吸科、中医妇科、肛肠科、心衰专病、乳腺科等为福建省中医重点专科（专病）；呼吸科、风湿内分泌科、治未病中心、脑病科、针灸科为福建省临床重点专科建设项目（中医类）。中医皮肤科、断指再植、老年医学等专业优势明显。
医院名医荟萃，有副主任医师以上180余人，拥有国医大师1人、全国名中医1人、全国中医名师1人，福建省名中医10人。享受国务院政府特殊津贴3人，任国家级学会常委以上20人,省级学会副主委以上63人，有6个国家级名老中医工作室。
医院有2个博士学位培养点、14个硕士学位培养点。近五年来中标各类科研课题300余项，省部级以上课题73项。国家级科研项目6项，获科研成果奖9项、优秀论文11篇。获福建省科技进步奖6项、国家专利15项、SCI论文31篇、发表论文394篇，拥有福建省卫计委重点研究室6个。
福建中医药研究院临床医学研究所、福建中医药大学针灸研究所、福建中西医结合研究院肿瘤研究所、福建中西医结合研究院白内障近视研究所挂靠我院，并附设福建正清司法鉴定所（亲子鉴定）。
医院始终把患者的利益摆在首位，旨在为患者提供最适宜的优质医疗服务。坚持“小综合、大学科”的办院方向，规模不断扩大，中医药学术地位不断提升，医院正朝着国内一流，国际知名，多个学科特色明显的三级甲等综合性现代科研型中医医院迈进。
东二环分院
位于福州市连江北路46号，开放床位150张，是福建省“120”急救联动单位。年门诊量超20万人次，设有急诊、内、外、妇产、儿、口腔、耳鼻喉、肛肠、康复、体检等15个临床科室、医技辅助科室，以妇产科、手足创伤显微外科为重点特色科室。妇产科拥有标准层流产房、先进设备开展宫腔镜、腹腔镜及乳腺微创手术，中西医诊疗特色突出；手足微创显微外科是以手术治疗高难度断指掌、断臂等各类手足外伤、恢复手足功能为特色的专科，在省内同专业医疗单位中居领先地位。
体检中心
成立于2002年，年体检量15多万人次，为福建省规模较大的健康管理服务机构，是国家中医药管理局第二批“治未病”预防保健服务试点单位，是国家中医药管理局中医预防医学重点学科和国家中医药管理局治未病重点专科建设单位，全国健康管理示范基地旗舰单位。中心面积近8000平方米，现有医护员工263名，拥有超亿元的健康体检、健康检测、健康评估和干预设备，自主研发多套健康管理信息系统软件。中心曾参与国家973（国家重点基础研究发展计划）、863（国家高技术研究发展计划）、国家中医药管理局、福建省教育厅、科技厅和卫生厅等多项课题研究，积累了丰富的科研成果，并用于指导体检实践，为体检者提供日益优质的体检服务。