上海市第六人民医院始建于1904年，2002年成为上海交通大学附属医院，是一所三级甲等大型综合性教学医院。医院核定床位1826张，实际开放床位1956张，临床医技科室46个。医院2017年门急诊量399.80万人次，出院病人10.52万人，各类手术11.68万人次。医院现有中国工程院院士1名、国家973首席科学家1名、国家卫计委突出贡献中青年专家4名、国家自然基金委杰出青年基金项目获得者2名、中组部青年拔尖人才支持计划入选者1名、教育部新世纪优秀人才培养计划入选者2名、人事部百千万人才工程入选者4名、国家自然基金委优秀青年基金项目获得者2名、青年长江学者1名。
1958年，周永昌教授等在这里开创了超声医学事业，医院被誉为“中国超声诊断发源地”。1963年，陈中伟教授、钱允庆教授等首创了国际医学史上第一例断肢再植手术，医院被誉为我国断肢再植的摇篮。1978年，于仲嘉教授等研究成功“手或全手指缺失的再造技术”，被世界誉为“中国手”，荣获国家发明一等奖。2003年，项坤三教授因在糖尿病领域的卓越贡献当选为中国工程院院士。
医院现有国家临床重点专科6个（骨科、内分泌代谢科、耳鼻咽喉科、医学影像科、运动医学科、急诊医学科），国家重点学科3个（骨外科学、内分泌与代谢病学、心血管病学），国家中医药管理局重点专科1个（针推伤科），上海市“重中之重”临床医学中心2个（创伤骨科与骨关节疾病临床医学中心、内分泌代谢疾病临床医学中心），上海市“重中之重”临床重点学科1个（医学影像学），上海市医学领先重点学科3个（四肢显微外科、内分泌代谢科、介入影像学），上海市临床药学重点专科1个（药剂科）。在复旦大学医院管理研究所发布的2016年度最佳医院排行榜中，医院综合排名第25名，骨科第4名，内分泌代谢科第4名，耳鼻咽喉头颈外科第7名，超声医学科第8名。在中国医学科学院发布的2017年度中国医院科技影响力排行榜中，医院综合排名第35名，骨外科学第1名，内分泌及代谢病学第4名，耳鼻咽喉科学第13名。
医院是全国综合性医院中医示范单位，设有上海市急性创伤急救中心、上海市危重孕产妇会诊抢救中心、上海市脑卒中临床救治中心和上海市传染病专科诊治中心、上海市医疗设备器械管理质量控制中心、上海市病历质量管理质量控制中心。
医院设有上海市糖尿病重点实验室、上海市四肢显微外科研究所、上海市糖尿病研究所、上海市超声医学研究所、中国上海国际四肢显微外科培训中心、上海市医学超声培训中心、上海交通大学六院临床医学院、上海交通大学创伤骨科研究所、上海交通大学糖尿病研究所、上海交通大学耳鼻咽喉科研究所、上海交通大学影像医学研究所、生物芯片北京国家工程中心上海分中心、医用可吸收生物材料工程技术研究中心、干细胞临床研究机构。
医院是上海交通大学博士学位研究生及博士后培养基地，有博士研究生导师92名、硕士研究生导师169名。2017年以第一承担单位获院外纵向课题182项，其中国家级课题78项、省部级课题38项、校局级课题66项。2016年SCI数据库共收录我院论文461篇，其中，Article & Review 425篇，位列全国医疗机构第20位、上海医疗机构第4位、上海交通大学医学院第3位。历年来，医院获国家、省部级科研成果奖261项，其中国家发明一等奖1项、国家科技进步二等奖3项。
医院连续五届15年蝉联“全国文明单位”荣誉称号，历年来获全国卫生系统先进集体、全国五一劳动奖状、全国厂务公开民主管理先进单位、全国医院管理年活动先进单位、全国百家优秀爱婴医院、全国改善医疗服务行动计划创新服务示范医院等荣誉称号。