新疆医科大学附属肿瘤医院成立于1989年;1993年自治区编委会批准医院同时增挂新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所牌子，院所合一。2004年医院被批准为新疆医科大学第三临床医学院及新疆维吾尔自治区肿瘤防治中心。历经24年的建设，现已成为集医疗、教学、科研和防治为一体的自治区级肿瘤专科医院。
医院现开放床位1500张，设33个临床科室，15个医技科室和38个职能单元;在岗职工2058人，其中高级专业技术人员214人，硕士、硕士以上学历375人，博士生导师22名，硕士生导师59名，享受国务院政府特殊津贴专家3人，卫生部有突出贡献中青年专家1人，自治区优秀专家2人;校级名师1人，院级名医22人，单病种首席专家8人，学科带头人5名。
医院拥有教育部省部共建重点实验室，国家药物临床试验机构，临床医学(肿瘤)博士后科研流动站，临床医学博士授权点，肿瘤学二级学科硕士授权点，一个国家级临床医学技术研究基地，三个自治区级质量控制中心和一个自治区级培训基地。
近四年来共承担纵向科研项目109项，其中国家科技部重大项目1项,国家自然基金项目17项，省部级项目44项，厅局级及医科大学项目47项，科研经费近1700万元，展现了较强的科研实力。肿瘤研究所重要技术平台之一的标本资源库，获自治区、乌鲁木齐市平台建设资助，为科学研究提供了重要的基础支持。
医院近年获中国抗癌协会科技奖1项，自治区科技进步二等奖4项,三等奖4项;获新疆医学科技进步奖3项，申请专利1项，获批临床药物试验1项。在省级以上刊物发表论文797篇，其中核心期刊收录368篇，SCI收录13篇;出版主编教材和专著6部。
2012年医院门诊量22万余人次，收治住院患者4.1万人次。