南京民博医院院目前开设内科、外科、妇科、中医科、前列腺科、肛肠科、皮肤性病科、不孕不育科、耳鼻喉科、骨伤科等临床科室，以及检验科、生化室、化验室、B超室、心电图室、X光室等医技科室，医院医疗设备先进，配套齐全，现拥有分光光度仪、德国进口全自动尿液分析仪、全自动血液生化仪、多参数心电监护仪、全自动精子质量分析仪、全自动洗胃机呼吸机、细菌培养箱、多媒体荧光检测仪、美国GE彩超机、C型X光机等检验化验设备。
引进了由美国研发的智能型体外短波、介导光波、一体化肛肠治疗仪、美国全电脑鼻咽喉治疗仪、及激光治疗机、日本电子阴道镜等先进的治疗仪器设备，并拥有一批高学历、高年资、临床经验丰富的执业医师，形成了独具特色的专科门诊。