第二军医大学长征医院南京分院设有临床科室25个，医技科室15个，开展41个专业，14个实验室，8个诊疗中心：创伤急救中心、脑复苏中心、血液净化中心、听力康复和眩晕治疗中心、肝病中心、整形美容中心、口腔中心、体检中心。
医院拥有多排螺旋CT、4800TFCT、数字胃肠机及1000MA大型X光机、血管造影机、C臂机、IDC、CR和DR系统，多台彩色多普勒超声检查仪、30台血透仪、全自动呼吸机、高压氧舱等大型医疗设备。以及经颅多普勒超声诊断仪、脑干诱发电位、各种内窥镜、24小时动态心电、动态血压检测仪、活动平板、多导生理记录仪、各种激光治疗仪、微波治疗仪、血液光量子治疗仪、呼吸睡眠监测系统、骨髓细胞分析系统、前庭功能检查系统、并新增了全自动生化仪、全自动血细胞分析仪、HT荧光酶标仪、微生物鉴定及药敏分析系统、心电监护仪、全自动非接触眼压仪等先进诊疗仪器。
2006年医院重点加强围绕中心建设和发展特色专业开展工作、树立品牌。创伤急救中心建立以急诊科、脑外、骨科、普外科、心内科等为主导的多学科协同救治体系，建立了严格的组织机构并制定了重大伤病和公共卫生突发事件医疗救护快速应急预案，能及时展开大规模伤病员救治工作。尤其是“绿色通道”建立后，更为重危急救工作的顺利开展提供了有力的保障。在“5.6”和“5.8”重大车祸救治以及“6.3”大批食物中毒救治工作中表现突出,受到省、市领导的表扬。脑复苏中心是我院重点学科之一，我院根据自身特点并从实际工作出发，组建了内、外科相结合的综合神经科。神经外科颅脑外伤救治率达到国内先进水平，神经内科对诊治急、慢性脑血管病变以及癫痫等各种神经系统疾病有丰富的临床经验；血液净化中心开展急、慢性肾功能衰竭（尿毒症）、高脂血症、药物及食物中毒、慢性充血性心衰终末期等多种治疗项目，尤其是动静脉瘘置管、复杂瘘重建修补术、长期双腔管置放术、腕管松解术、人造血管置入术等技术水平在省、市同行业中名列前茅；骨科在上海长征医院骨科专家的帮带下正逐步形成以脊柱外科、关节外科为主的特色发展学科；耳鼻咽喉及听力、眩晕中心，是原军医学院的重点学科，所属听力中心在听力检测、分析和康复治疗（包括聋哑儿听力康复训练）、助听器选配等方面处于国内先进水平，在晕动病研究方面有很深的造诣；肝病中心拥有国际先进的“人工肝”设备和微波刀治疗系统，在重型肝炎的抢救和难治性肝炎治疗以及肝癌的综合治疗方面达到国内先进水平；口腔中心拥有多名来自第四军医大学的口腔专家，在口内、口外、矫形、颌面外科等各种常见病和疑难杂症诊治方面具有很高的水平；手外科在各种断肢、断指（趾）再植、再造和复杂显微外科矫形等高难度手术方面处于南京市领先水平；整形美容中心由第二军医大学长征医院整形美容中心主任、著名整形专家江华教授亲自指导并选派个性医生长期参加诊疗工作，开诊仅半年已顺利开展整形手术近万例；体检中心是面向社会大众服务的专业体检机构，实行规范化管理，已成为上海铁路局等诸多大型企业的定点体检单位，年完成体检任务在两万人次以上。
2006年，我院成为南京中医药大学教学实习基地，同时承担江苏、安徽等多所院校的教学任务，接受进修150人、实习200人，安排继续教育II类项目和院内、外专家讲课40次。检验科06年参加全国卫生部临床检验中心及南京军区临床检验中心组织的室间质量评价取得9个专业组个性的好成绩。艾滋病初筛实验室在2006年南京市卫生局对57家医院进行的现场检查中获得满分。总后“十五”指令性课题取得突破性进展。发表论文30篇，其中核心期刊15篇，参加各种学术会议交流论文35篇。
医院在努力发展业务、提高医疗服务质量的同时，积极参与地方政府、卫生行政部门组织的各种公益活动。与江苏省城市频道《南京零距离》合作下社区开展义诊服务60场次，受到广大市民的称赞。今年医院被南京市评为“红十字”先进单位。
