肛瘘的病因有：（1)最主要的原因是肛门直肠周围脓肿。(2) 克罗恩病或其他腹内炎症病变合并肛瘘，除了肛瘘症状外，通 常会合并腹痛、腹泻等肠道症状。(3) 性病肉芽肿，多由于衣原体等导致淋巴系统的慢性感染，导致 肛直肠周围炎症肿块。
(4) 放射性直肠炎，因盆腔接受放疗所导致。(5) 直肠异物，导致肛直肠黏膜损伤、感染和瘘管。(6) 放射菌病，多见于免疫功能不全患者出现的原发肛周放射菌 感染。
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