敦煌市中医医院始建于1983年，是全省同级中医医院的首批“二级甲级等在医医院”和“爱婴医院”。占地面积6231㎡，建筑面积12100㎡，固定资产2020余万元，开设病床150张。现有职工190人，其中卫生技术人员148人，高级职称5人，中级职称25人，高中级技术人员占卫生技术人员总数的20%。
拥有CT、进口彩超、血液透析仪、电视胃镜、500mA电视X光机兼数字减影、CR、经颅多普勒、全自动生化分析仪、全自动精子质量分析仪，德国进口膀胱镜、前列腺汽化电切镜，美国进口动态心电血压监测仪，眼底荧光血管造影仪、耳鼻喉综合检测仪、微量元素测定仪等先进医疗设备150余台件。
设有中西医结合内、外、妇、儿、急诊、眼、耳鼻咽喉、口腔、肛肠、泌尿、骨伤等23个临床科室和放射、检验等6个医技科室和1个分院、4个社区服务门诊点，是管理科学、设备先进、医疗服务范围、医疗技术水平较高的综合性中医医院。
近年来，敦煌市中医医院坚持“中医为主、中西医结合”的办院思想，坚持“以人为本、科技兴院、专科带院、服务活院”的办院思路，把突出中医特色，强化专科专病，搞好中医药科研作为重点，不断加强内涵建设，大胆探索人事、分配制度的改革，使医院向高效、优质、低耗的管理模式发展，满足了不同层次人群的医疗保健需求。
中西医结合眼科、肛肠科、泌尿科、创伤科、针灸推拿科、糖尿病、风湿病、哮喘病等专科专病已形成辐射周边县区的特色医疗。有“自制风湿Ⅱ号电离子导入治疗风湿类疾病”、“滋肾蓉精降糖胶囊治疗Ⅱ型糖尿病”、“白内障囊外摘除加入工晶体植入术的临床应用 ”等20余项科研成果分别荣获地、市级科技进步奖，有“黄芪注射液治疗急性黄疸型甲型肝炎60例 ”、“化瘀消癖胶囊治疗乳腺腺病和乳房纤维囊性增生症258例临床总结”等160余篇学术论文在、省级刊物上发表。
敦煌市中医医院先后荣获甘肃省诚信建设单位示范点、地级文明单位、全市窗口行业创建文明系统示范点、诚信单位、“三•五”普法先进单位、思想政治工作先进集体、民族团结先进集体等荣誉称号。
同时，长期承担甘肃中医学院、省中医学校、酒泉卫生学校等院校的教学医院工作，并被确定为本市人寿保险公司定点医院和远涉青海海西州、阿克塞等周边地区的医保定点医院。