是的,杭州南站的火车和动车是在一起的。杭州南站是一个综合性的高铁站,既可以停靠动车组,也可以停靠普通列车。在杭州南站,动车和火车共用站台,但是它们停靠的位置是不同的,需要根据车次和车站标识来确定具体的停靠位置。因此,乘客在乘坐前需要仔细查看车次和车站标识,以确保上车的位置是正确的。