北京机动车违章扣分的处理流程如下：

1、持身份证，驾驶证，行驶证，到违章处理大厅办理；

2、持处罚决定书到指定的银行交罚款（处罚决定书一旦打印完毕，必须在15日内交罚款，超过15天的，每天收取3%的滞纳金，滞纳金的总额不能超过罚款的总额）；

3、打单交完罚款后，把票据保留好。几日后再网上查询违法信息，若违法信息没有了，票据就可以扔了，但如果网上还有违法信息没消掉，那就拿着交款单子到交警队的法制科说明情况，经过工作人员确认后，你的违法信息将直接删除；

4、注意：交警现场给驾驶人开的罚单15日后不缴纳会有滞纳金，电子眼拍到的违章记录或驾驶人不在现场贴在车上的罚单都没有滞纳金。