有毒部位河豚毒素所在部分和季节上的变化河豚毒素所在部位为鱼体内脏。其包括：生殖腺、肝脏、肠胃等部位，其含毒量的大小，又因不同养殖环境及季节上变化而有差别，按长江河豚和人工养殖河豚的实例证明，各器官毒性比较如下：卵巢→脾脏→肝脏→血筋→眼睛→鳃耙→皮→精巢→肌肉。养殖河豚（2龄以上）其器官毒性比较与野生河豚一致，但含毒素量较低。生殖腺　就是卵巢及精巢。卵巢含剧毒，为河豚含毒量最大的强毒部分之一。精巢是微毒或无毒；卵巢与精巢为长圆形，位于腹腔后部，肛门附近。二者在生殖时期，易于辨别，睾丸为乳白色，卵巢为浅黄色；横断切面，精巢呈白乳糜状，而卵巢则呈颗粒状；但秋后因生殖期已过，卵巢与精巢皆呈萎缩，二者间较难辨别。肝脏　为一较大纵长的器官，位于腹腔的右侧，上接膨大的胃部，下部尖端达肛门附近，呈灰褐色，内侧具有一绿色的胆囊。肝脏为河豚剧毒部分，食河豚时宜特别注意在食前务必剖除干净，人工养殖的可以通过油煎后食用。皮肤和血液　皮肤含毒量因河豚种类而异，河豚皮肤含毒量甚微或无毒。血液特别是两块所谓脊血块即脾脏含有剧毒。肠胃　胃部甚大，能吸入水或空气，使其膨大，胃之下为肠，肠在腹腔内作二回折即达肛门，胃和肠也有毒，但毒性比卵巢及肝脏小得多。肌肉　肌肉可视为无毒，所以只要挖去河豚的内脏，再剥去皮，洗得干净，是不会有毒的。但河豚死后较久，内脏的毒素溶在体液中，时间一久，可以渗入肌肉，不可不防。特别是制作鱼片（鱼生），用2%～5%碱液浸洗，更加安全。河豚的卵巢和肝脏为河豚内脏中第二大剧毒脏器，其含毒量的多少，常随季节上的变化而有差异，每年2～5月为卵巢发育期，毒性较强，到6～7月后，产卵期已过，卵巢萎缩，毒性亦减弱。肝脏和卵巢相同，普遍亦为春季毒性较强。此外，不同种类，其含毒量也不一致，而且即使同一种，有时含毒也不一致，一般雌的比雄的毒性强。