生物节律的控制中枢位于下丘脑。下丘脑位于丘脑沟以下,形成第三脑室下部的侧壁和底部。重量仅4g,占全脑的0.3%左右,它是植物神经的皮质下最高中枢,边缘系统、网状结构的重要联系点,垂体内分泌系统的激发处。主要包括乳头体和结节部、视上部。
下丘脑位于丘脑下沟的下方,构成第三脑室的下壁,界限不甚分明,向下延伸与垂体柄相连。下丘脑面积虽小,但接受很多神经冲动,故为内分泌系统和神经系统的中心。它们能调节垂体前叶功能,合成神经垂体激素及控制自主神经和植物神经功能。任何下丘脑合团损伤都会引起动机行为的异常,如:摄食、饮水、性行为、打斗、体温调节和活动水平。