2016年10月21日上午，海南医学院举行海医附院和海南省农垦总医院更名大会，根据海南省编委的批复，海南医学院附属医院更名为海南医学院第一附属医院，海南省农垦总医院更名为海南医学院第二附属医院，同时加挂海南医学院附属农垦总医院牌子。
海南省农垦总局医院是一家集医疗、急救、教学、科研、康复、预防、保健、体检健康管理为一体的大型综合性医院，为海南省首批高分通过评审的"三级甲等医院"，2004年7月医院全面通过ISO9001：2000国际质量管理体系认证，是海南省、海口市及各市县医保、新农合、城镇医保定点医院，是广西医科大学、海南医学院教学医院。
医院专科设置齐全，技术力量雄厚，全院在职职工1386人，其中高级职称189人，博士研究生8人，硕士研究生22人，硕士生导师3人，获国家突出贡献、政府特殊津贴及海南省优秀专家18人。医院始建于1952年，占地面积约430多亩，现批设病床1200张，分为总院、东湖院区和海垦门诊部三个院区。总院占地面积430亩，位于海口市白水塘路48号，与海口市一中新校址、景山中学、海口保税区相毗邻。设有门诊、急诊、住院、康复、疗养、体检健康管理等部门，开放病床1000张。东湖院区位于海府路10号，与海口宾馆、市25小学相邻，设有门诊、急诊、体检中心和内科、外科、妇产科、儿科、眼科等专科住院病区，开放病床200张。海垦门诊部位于海垦路，设有各专科门诊和急诊。
医院在省内率先开展体外循环心内直视手术、显微外科手术、微创腔镜外科手术、同种异体肾脏移植术、阴茎再造术、舌再造术、血液透析、腹膜透析、可控制"Y"型膀胱术、脑部立体定向手术、消化道早期癌内镜下外套管切除术、生殖医学、女性内分泌疾病诊疗等先进技术。近五年来，医院共获部省级、厅局级科技进步成果奖30余项，引进新技术、新项目400余项。全院交流科研论文1000余篇，其中刊登在省级、国家级杂志上600余篇。
医院重视专科建设和新技术的应用，作精作强每一项技术，以点带面，扩大优势。保持对核心学科投入的同时加强发展新技术和专病专治，快速发展了微创外科、器官移植、干细胞治疗技术、生殖医学、"微笑列车"治疗唇裂、腰椎间盘突出症专科、肝炎专科、糖尿病专科、甲状腺专科、乳腺外科、头颈颌面专科、脂肪肝专科等。
医院坚持以病人为中心，抓好医疗质量。重视科技人才培养和引进，积极开展科研，不断引用新技术，整体水平不断提高。医院在与上海东方肝胆外科医院和同济医科大学签定了技术合作协议，定向培养进修生和硕士研究生的同时，引进具有丰富经验、来自大医院的专家，并加快培养中青年专家担任学科带头人和吸收年轻博士、硕士加强后备力量，为医院的长远发展打下了坚实的基础，现多个学科处于国内先进水平。
医院坚持以人为本，走科技兴院之路，不断加大医疗设施建设，近期购置了64排CT、1.5T核磁共振、直线加速器、DR、C臂X光机、Drager呼吸机、组织配型器械等一流先进设备。螺旋CT、ECT、高档三维彩超、全自动生化分析仪、放免仪、化学发光仪、高压氧舱、麻醉机、电子胃镜、肠镜、纤维胆道镜、胸腔镜、腹腔镜、宫腔镜、经皮肾镜、输尿管镜、膀胱镜、关节镜、耳鼻喉内窥镜等设备先进而齐全，为临床医疗技术的开展、医疗质量的提高、科研工作的开展提供了良好的条件。
医院先后获得“全国五一劳动奖状”、“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”等80余项国家、省、市荣誉称号。