广州医科大学附属第二医院（简称广医二院）于1982年12月正式挂牌，2004年8月成立广州医学院第二临床学院。2013年6月医院正式更名为广州医科大学附属第二医院，广州医学院第二临床学院更名为广州医科大学第二临床学院。经过30余年的艰苦创业，医院不断发展壮大，已发展成为人才队伍齐备、学科力量雄厚、医疗技术精湛、科教成果丰硕、诊疗设备先进、医疗服务完善，集医疗、教学与科研于一体的大型三级甲等综合性医院和高等医学院校附属医院，成为广州市重要的医疗诊治、医学教育、医学研究机构，广州市干部保健基地。医院由院本部、番禺院区和西院区组成。
医院本部位于广州市海珠区核心地区，双地铁昌岗站上盖。医院三个院区总占地面积11.1万平方米，建筑面积21.93万平方米，实际开放病床2500余张，设有46个临床科室，12个医技科室，附设广州医科大学神经科学研究所、广州心血管疾病研究所，以及1个社区卫生服务中心。现有职工人数3247人，其中高级职称631人。拥有新世纪百千万人才工程国家级人选1名 、国家有突出贡献中青年专家1名、双聘院士2名、珠江学者特聘教授1名、千百十工程国家级培养对象1名、广东省自然科学杰出青年1名。近100人次在省、市学术团体各专业学会担任主任委员、副主任委员。2017年全院门诊总诊疗303万人次，年收出院病人近7.9万人次，全院住院手术超过4万人次。
医院学科齐全、技术力量雄厚、专科特色突出，在神经系统疾病、心血管疾病、风湿性疾病、过敏性疾病、慢性疼痛防治及肾移植、外科微创手术等领域达到国内先进水平。疼痛科、过敏反应科为国家临床重点专科，心血管内科、神经外科、重症医学科、神经内科、急诊科、普通外科、康复科、医学检验科、胸外科、肾内科、医学影像科、眼科、内分泌科和呼吸内科、疼痛科、过敏反应科等16个专科为广东省临床重点专科。12个临床专业为国家药物临床试验机构，2个专业为国家临床药师培训基地。
医院拥有最新一代伽玛射线立体定位治疗系统、全飞秒激光机、3.0T医用核磁共振成像系统、640排全身高速螺旋CT、双C臂数字减影血管造影X线机（DSA）、术中放疗手术系统、单光子发射型电子计算机断层扫描仪（SPECT）等一批先进的现代化医疗设备，总价值约7.8亿元。
广医二院负责广州医科大学临床医学二系、医学影像学系、麻醉学系的教学工作。承担了专科、本科、研究生等多层次的教学任务。拥有一支优秀的师资队伍，我院共有博士生导师44人，硕士生导师121人。内科学教学团队为国家级优秀教学团队。内科学课程为国家精品课程、国家双语教学示范课程，还拥有一批省市精品课程。拥有住院医师规范化规培基地27个，协同医院2家。
过去的十年，医院科研工作取得了长足的进步。临床医学为广东省教育厅第九轮攀峰重点学科，神经内科为广东省“十二五”医学重点学科，内科学（心血管病与心血管药理）和临床检验诊断学为广州市属高校重点学科，外科学为广州市属高校重点扶持学科，急诊医学科为广州市医学重点学科。神经科学研究所实验室被评为省部共建教育部重点实验室、广东省重点实验室、广东省教育厅重点实验室、广州市重点实验室；过敏反应与临床免疫重点实验室为广东省重点实验室、广州市重点实验室；心血管疾病研究实验室为广州市重点实验室。近五年获各级课题立项共计629项，资助经费7810.4万元。其中，国家自然科学基金立项74项。
医院坚持“以病人为中心”的办院宗旨，坚守“仁爱、精诚、团结、创新”的院训，发扬“艰苦创业、求真务实、勇于开拓”的广医二院人精神，实行全方位优质医疗服务。以“更好的质量、更好的服务、更好的环境、更合理的费用”为目标，精益求精，追求卓越。以严谨的作风、精湛的医术、优质的服务，赢得了广大人民群 众的信任，病人遍及省内外、港澳台和东南亚等国家和地区。医院被国家卫生部评为“三级甲等医院”、“爱婴医院”和“全国卫生系统先进集体”，荣获广东省“文明医院”、“百家文明医院”、“白求恩式先进集体”及“广州市文明单位标兵”、“广州市最受欢迎三甲医院”、“广州市医保信用‘AAA’级定点医疗机构”等荣誉称号。
广州医科大学附属第二医院番禺院区位于广州市番禺区亚运城，前身为“广州医科大学附属第四医院”，2016年经广州市编委及广州医科大学批准，整体并入广州医科大学附属第二医院。番禺院区占地面积82亩，建筑面积6.6万平方米，设有门诊部、医技楼和住院大楼。开设住院病区12个，现有床位500张，承担医疗、预防、保健、康复、急诊急救、教学科研等任务，主要为番禺、南沙等地区居民提供医疗卫生保障服务。广医二院对番禺院区实施“小综合、大专科”的发展战略，采取“垂直管理”模式，促进三级医院优质医疗资源进一步延伸。番禺院区现以器官移植、急危重症救治、放射介入和微创手术治疗、肿瘤综合治疗、心脑血管疾病治疗为特色，努力成为番禺区医疗卫生事业重要支撑力量。
广州医科大学附属第二医院西院区位于广州市海珠区广纸路，前身为“广纸医院”，2012年依广州市政府文件规定整体移交划转广州医科大学附属第二医院。西院区直接管办南石头街社区卫生服务中心——是广州市唯一一家由三甲医院直接管办的社区卫生服务中心。目前设有门诊部、预防保健科、住院部、医技科、中西药房、综合办公室5个科室,开放床位75张。服务范围16个居委、常住人口9.63万。广医二院依托西院区率先探索“紧密型医联体”模式，实现了疾病“分级诊疗、急慢分治”，促进了三级医院优质医疗资源向基层延伸，使社区居民在家门口就可以享受三级医院服务，得到了市、区有关部门的一致好评并予以推广。2015年，广医二院以其三甲医院的雄厚技术实力和优势在西院区新建两个病区，设床位50余张，弥补目前社区眼科、康复专业人员匮乏、治疗手段单一的缺陷，进而满足社区居民多层次的健康需求。