东方医院筹建于1986年并于1999年12月12日正式开业，是北京中医药大学第二临床医学院，国家中医药管理局托管单位，是一所特色明显、功能齐全、设备先进，集医疗、教学、科研、预防和健康咨询为一体的三级甲等中医医院。教育部211工程建设的中医药大学附属医院，北京市医疗保险定点医院。2011年6月，北京中医药大学东方医院正式接收北京二七机车厂医院，命名为北京中医药大学东方医院二七院区。医院现为一院两区(即东方医院方庄院区和东方医院二七院区)。总占地面积4.62万平方米，总建筑面积9.96万平方米。
东方医院“十二五”期间将开放床位将达到1200张(其中：方庄院区开放床位800张(目前已开放705张);二七院区计划逐步达到400张(目前开放床位200张)。目前东方医院日均门诊量将达到5000多人次。设有临床科室38个。医院技术力量雄厚，诊疗方法是以中医为主、中西医结合。医院有周平安、王沛、陈淑长等全国知名专家教授;高级职称62名，副高级职称121名;有博硕导师近100名;6名专家享受政府特殊津贴;3名专家被国家确定为师承制教育导师;9名专家被确定为北京市老中医药专家学术经验继承工作指导老师;另外还有一大批中青年学科、专科带头人。
东方医院现有卫生部国家临床重点专科中医建设项目3个，分别是心内科、脑病科、妇科;国家中医药管理局重点专科(病)项目6个，分别是脑病科、肾病科、心血管科、妇科4个专科和青盲(眼科)、周围血管病(动脉硬化闭塞症)2个专病。拥有脑病科、呼吸热病科、儿科、妇科、推拿科、肛肠科、耳鼻咽喉科7个北京市中医特色诊疗中心。还拥有北京市中医病案质控中心。
东方医院重视发展中医，特色鲜明，优势明显。以近百种中医特色治疗方法为主，辅之以现代化诊疗手段，在治疗各种常见病、疑难病等方面，均有丰富的经验和独特的疗效。为广大患者提供了及时有效、安全便捷、周到热情、价格合理、技术精湛的医疗服务。根据中医“治未病”理念，针对现代亚健康人群不断扩大的形势，东方医院于2008年成立了治未病中心，用传统的中医方法，内调外养，达到预防保健的效果。
开院至今医院开展了包括国家“973”计划课题、国家科技攻关(支撑)计划课题、国家自然科学基金课题、教育部课题、国家中医药管理局课题、北京市课题等在内的共566项科学研究，其中主持国家级课题52项，省部级课题118项，获各级科技成果奖41项。现拥有国家中医药管理局细胞分子技术三级实验室，是卫生部国家食品药品监督管理局中药新药临床试验基地，并函盖了11个新药临床试验专业。所有的二级学科均为国家教育部重点学科，中西医结合临床学科、中医妇科学是国家中医药管理局重点学科建设单位。医院目前承担着国家教育部“211工程”三期重点建设项目，是国家中医药管理局重点研究室、北京市重点学科建设单位。中华中医药学会耳鼻喉科分会、中华中医药学会脉管病专业委员会、全国中医性学专业委员会及北京市等多个学术团体的主任委员或托管单位。北京市“薪火工程”名老中医杨甲三教授、刘弼臣教授、王永炎院士、韦玉英教授、王沛教授、周平安教授、廖家桢学术传承研究及工作室站的建设单位设在东方医院。
作为北京中医药大学第二临床医学院，为国家培养了一批高素质专门人才。学院现设有中医内科专业、中医外科专业、中医妇科专业、中医儿科专业、针灸推拿专业、中西医结合临床专业等11个研究生招生专业，建有中医学、中西医结合博士后流动站，现有博士学位授权点6个，硕士学位授权点11个，共设内、外、妇、儿等18个临床教研室，拥有医疗教学床位705张，是全国中医药高等教育学会临床教育研究会的常务理事单位等。目前，医院承担有我校五年制、七年制科研方向班和北京中医药大学--新加坡南洋理工大学中医--生物双学位项目班临床课课堂授课、毕业实习等教学任务。
医院装备100万以上的先进医疗设备共有24件。并配有现代化的手术室、监护室以及健身、药浴、功能康复等设施。