昌平区中医医院始建于1984年的昌平县中医门诊部，于1992年12月26日正式建院。建院十年来，医院靠科学管理治院，以改革统揽全局，以不断创新求发展，确定了“以病人为中心，以质量为核心，以特色为优势”的办院方针，以“优质、高效、低消耗”为总体目标，走科技兴院之路。全院干部职工同心同德，积极进取，锐意改革，使医院的医、教、研、防各项工作均得到了全面发展和提高。1995年6月被联合国基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”；同年10月，被国家中医药管理局评为“二级甲等中医医院”。现已成为昌平地区集中医医疗、教学、科研、防保、康复为一体的综合性中医医院。 医院占地面积30.5亩，建筑面积21971平方米，资产总计8100万元，其中医疗设备5300余万元。现有职工579人，其中卫生技术人员占全院职工总数的82%，高级职称40人，中级职称127人，初级职称339人。年门诊量30.7万人次，开设病床263张，年住院人次8000余人次，平均床位使用率为89%。医院设有内、外、妇、儿等22个临床科室，国家级重点专科1个，院重点专科2个，4个医技科室，10个病区，8个社区卫生服务站，1个急救中心，2个分院。 医院在取得“爱婴医院”和“二级甲等中医医院”称号后，加大管理改革力度，全面突出以内涵建设为中心，推出“六新”管理改革机制：即培养引进高新技术人才、开展新技术、扩大新病源、推出新机制、增加新设备、实行全新优质服务。 近年来，医院坚持科技兴医、科教兴院的战略，获得区、局科技进步奖7项。近年来在国家级和省市级刊物上发表学术论文141篇，其中国家级56篇，省市级85篇。 医院先后引进了日本日立医疗AIRIS-mate永磁型核磁共振、西门子Sequoia-512Signature型高档彩色多普勒超声诊断仪、aloka公司生产的ssd/alpha10新型彩超、日本日立医疗SF-VA200大型C臂血管造影装置（DSA）、日本日立医疗DHF-105CX-9小C臂、HITACHIRADIX-PRONTO（XE）产螺旋CT、美国GEPace全身CT机、日本OLYMPUS大型全自动生化分析仪（AU400）、放免仪、R-50X光机、麻醉机、奥林巴斯V70电子胃镜、蛇牌腹腔镜、关节镜、膀胱镜、宫腔镜及重症监护设备等大型医疗设备，使医院诊断治疗水平得到了长足发展。 为满足广大患者需求，医院设有普通门诊和专家门诊，住院部设有普通病房和高级病房，实行全年365天无假日门诊，随时为患者提供全员、全程、全方位优质服务。 2003年12月一栋3128.66平方米的五层新的综合病房大楼竣工并投入使用。昌平区中医院全体员工正向着现代化综合性中医医院的目标而奋力进取！
先后引进了日本日立医疗AIRIS-mate永磁型核磁共振、西门子Sequoia-512Signature型高档彩色多普勒超声诊断仪、aloka公司生产的ssd/alpha10新型彩超、日本日立医疗SF-VA200大型C臂血管造影装置（DSA）、日本日立医疗DHF-105CX-9小C臂、HITACHIRADIX-PRONTO（XE）产螺旋CT、美国GEPace全身CT机、日本OLYMPUS大型全自动生化分析仪（AU400）、放免仪、R-50X光机、麻醉机、奥林巴斯V70电子胃镜、蛇牌腹腔镜、关节镜、膀胱镜、宫腔镜及重症监护设备等大型医疗设备
1995年6月被联合国基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”；同年10月，被国家中医药管理局评为“二级甲等中医医院”。