北京水利医院（水利部北京总医院）始建于1978年，是一所医教研防相结合、科室齐全、设备先进、技术优良、服务周到的二级甲等综合医院，是北京市基本医疗保险定点医院。全院现有卫生技术人员241人，其中高级职称24人，中级职称80人，并有两位专家享受政府特殊津贴。编制床位300张，开放床位200张。
医院现有万元以上大型医疗设备127台，包括荷兰飞利浦CT扫描机、西德西门子800毫安X光机、日本日立7020全自动生化仪、韩国彩色全数字多普勒超声诊断仪、德国Evita 2 dura 呼吸机、睡眠呼吸监测系统、日本血液透析机（DBB-22B型4台、DBG-01血滤机1台）、美国全自动血球计数仪、美国动态心电监护仪（动态血压监护系统）等。
中医专家门诊：前列腺治疗中心采用“介入导融法”治疗支、衣原体、双球菌感染的前列腺炎、前列腺增生肥大、尿道炎、导致会阴部胀痛、尿频、尿急、尿痛、滴白、排尿困难、以及病毒疣、疱疹、性功能障碍（阳痿、早泄）等疾病。
妇科采用中西医结合治疗不孕不育症、及阴道炎、白带异常、外阴瘙痒、盆腔炎、附件炎、宫颈炎、宫颈糜烂、尿道口有异常分泌物、阴部肛周有菜花状增生物等疾病。
脑血管治疗中心采用“颈部半介入”治疗脑血管意外（偏瘫）、脑梗塞（脑血栓形成脑栓塞）、短暂性脑缺血发作、脑出血、蛛网膜下腔出血、血管性痴呆、脑动脉硬化、脑供血不足、高血压脑病、帕金森氏症、及头痛、眩晕、癫痫；心血管疾病：高血压、高脂血症、冠心病、心梗、心衰、心律时常、心肌炎；四肢血管疾病：血栓闭塞性脉管炎、雷诺氏症、动脉硬化闭塞症、大动脉炎、动脉栓塞、浅静脉炎、下肢静脉曲张、深静脉血栓形成、慢性下肢溃疡等疾病。
中医科、神经内科、皮肤病、骨科、风湿、老年病、糖尿病、肝病肿瘤、哮喘、气管炎、胃肠消化、内分泌、肛肠等疾病。本门诊具有医资雄厚、技术独特、治愈率高的优点，取信于广大患者。
我院与阜外医院合作开办的心血管内科联合病房，主要收治冠心病、瓣膜病、心肌病，以及需做冠造、搭桥、射频消融手术及介入治疗的患者，两院医生联合主持病房工作，并每周有阜外医院心内科主任查房及会诊。
中医专家门诊由北京国医堂中医研究院专家应诊
北京国医堂中医研究院北京市编委批准的中医药科研、教学、医疗为一体的科研事业单位。在院长领导下，设立具有研究员（教授、主任医师、副研究员（副教授、副主任医师）资格以上职称的京内外百余名中医药名老中医组成的专家委员会，负责科研立项，成果评估，学术研究和技术评估与把关。
荷兰飞利浦CT扫描机、西德西门子800毫安X光机、日本日立7020全自动生化仪、韩国彩色全数字多普勒超声诊断仪、德国Evita2dura呼吸机、睡眠呼吸监测系统、日本血液透析机（DBB-22B型4台、DBG-01血滤机1台）、美国全自动血球计数仪、美国动态心电监护仪（动态血压监护系统）等