华佗医院于一九七九年成立建院之初在现在岗尾程路口（现时代广场侧），1987年4月医院总部门诊楼建成，搬迁到现在的院址，旧院部作为第二门诊部，第三门诊部在昌大昌楼下，作为一个社区服务性质的诊所。医院目前占地面积16000平方米，建筑面积7000平方米，有门诊综合楼、改装的住院楼各一座。是一所以传统中医中药和中西相结合的，集医疗、康复、保健、科研、教学为一体的二级甲等（综合性）中医院。全院现有职工207人，其中肇庆市专家库专家16人，肇庆市名中医6人，主任医师职称3人，副主任医师职称15人，主治医师21人。
肇庆市端州区华佗医院现设有三个住院病区、三个门诊部和临床科室12个，开设有内、外、妇、儿、骨伤、针灸针挑、整脊理疗、急诊、五官、口腔等临床科目。开放病床105张。拥有东芝螺旋CT、彩色B超、奥林巴斯电子胃镜、C臂X光机、经颅多普勒、呼吸机、500MZX光机、DR（进口直接数字化X光机）、意大利主全自动生化仪、除颤仪等大型医疗设备及其它配套设备。医院全面实现医疗信息网络化管理，全院实现了医疗信息网络化、无纸化管理，就诊环境不断美化改造，部分就医环境实现宾馆化建设。
肇庆市端州区华佗医院按照“专科突出、中西并重、全面发展”的办院方向，注重走特色专科发展道路，针灸针挑、骨伤科、中医心脑血管病科、脊柱病志科、康复推拿科有人才技术的优势，作为重点建设扶持科室。针灸针挑科是广东省中医针灸重点专科，骨伤科、中医心脑血管病科、脊柱病志科、康复理疗科是在本市享有盛名的重点专科。医院临床科研成果先后有《挑筋疗法治疗强直脊柱炎临床研究》等18项获省局级或市、区级科技进步奖，其中《岭南挑筋法治疗强直性脊柱炎规范研究》已通过国家中医药局的验收。
肇庆市端州区华佗医院还多次被评为肇庆市、端州区“先进集体”，“文明单位”，“花园式单位”。还被省中医药局两度授予“省文明中医院”称号。现为广州中医药大学、广东湛江中医学校、广东省新兴中等中医药学校实习医院。