新疆医科大学附属肿瘤医院暨新疆维吾尔自治区肿瘤医院设备先进，技术力量雄厚，是自治区惟一一所集医疗、教学、科研、预防为一体的肿瘤专科三级甲等医院。自治区肿瘤防办及自治区肿瘤研究所挂靠在该院。医院占地9.5万平方米，目前总建筑面积3.9余平万，固定资产1亿万元。现开设床位538张，设有14个临床科室，8个医技科室，6个职能科室。
新疆维吾尔自治区肿瘤医院现有职工603人，少数民族职工占34.78%。专业技术人员299人，其中专业职称正高15人、副高37人、中级118人，享受国务院特殊津贴2人。医院为新疆医科大学肿瘤专科硕士研究生学位授予点。每年承担新疆医科大学本科及成人教育21个班，共计469个学时的教学任务及全部肿瘤专业学员的生产实习任务。目前承担省、厅级科研项目11项。
新疆维吾尔自治区肿瘤医院设有肿瘤外科：外一科（腹部及泌尿系统）、外二科（乳腺）、外三科（胸部及肝脏）、外四科（乳腺及头颈），肿瘤妇科：妇一科（手术与化疗）、妇二科（放疗与化疗），肿瘤内科：内一科、内二科，放疗一科，放疗二科，中西医结合科，手术室，麻醉科，ＩＣＵ室、急诊科等临床科室。设有病理、检验、血库、细胞、放射、功能、药剂、器材、供应室等医技科室。
新疆维吾尔自治区肿瘤医院先后购进6000万元的医疗诊治设备，其中拥有世界先进水平的全套放射治疗进口设备，可开展国际先进水平的三维立体动态治疗肿瘤及头部X－刀、肿瘤介入治疗数字减影机、肿瘤治疗高能聚集超声刀等大型治疗设备。拥有多层螺旋CT，高档彩超，全套的电子内窥镜，贝克曼全自动生化仪，５分类血球仪、电泳仪、尿沉渣检测仪、流式细胞仪，基因诊断仪，酶标仪、α计数仪、高倍倒置显微镜、病理图文诊断仪、低温冰箱及低温离心机等先进的诊断设备。建成细胞培养、免疫分子实验室和层流病房。成立了自治区放射治疗中心，肿研所被批准为自治区重点实验室。
新疆维吾尔自治区肿瘤医院开展多种手术项目，对各种恶性肿瘤实施综合治疗和严格执行诊治规范，为了不断提高肿瘤的治疗效果，还先后开展了放射治疗超分割技术，CT定位技术，模拟定位技术，肿瘤介入治疗，过继性免疫治疗，肿瘤瘤苗的临床应用，外周血干细胞移植术。在化疗应用方面形成了一整套对毒副反应预防措施。
新疆维吾尔自治区肿瘤医院拥有一批享誉区内外的老中青专家及学科带头人，以该地区特高发肿瘤疾病为研发重点，严守肿瘤的诊断和治疗规范，形成了肿瘤以手术治疗，放射治疗，药物治疗，介入治疗，高能超声聚焦治疗（热疗）为特色的多学科综合治疗体系。肿瘤的诊疗在自治区处于领先和先进水平，某些项目达到国内先进水平，个别项目达到国际先进水平。对放化疗毒副反应形成了整套的预防措施，对晚期恶性肿瘤可列入免费镇痛治疗计划，并确定了新疆特高发病的立项研究方向，医院还开展了整体护理模式。