泉州市儿童医院创建于1990年元月，前身是一所侨建公办的儿童医院，1997年加挂“泉州市妇幼保健院”牌子，目前实行“一套班子，两块牌子、医疗保健两院合一”的管理模式。院区占地面积36000平方米，建筑面积42000平方米。编制病床500张，员工550人。其中享受国务院特殊津贴专家3人，留美博士1人，硕士11人。高级职称55人，中级职称65人。设NICU、PICU、新生儿、神经康复、肾脏血液、哮喘、小儿心血管中心、眼科、妇科、产科和VIP等十二个专业病区和相应的专科门诊。是“省新生儿疾病筛查中心泉州分中心”和“省新生儿救护中心泉州分中心”的所在医院。
泉州市儿童医院主要设备有：眼科准分子激光、螺旋CT、四维彩超、二维彩超、全自动生化、乳腺X光机、腹腔镜、24小时动态脑电图、宫腔镜、视频脑电图、脑干诱发电位、麻醉工作站、玻璃体切割机、超声乳化机、眼底照像系统、间接眼底镜视频影像系统、早产儿间接眼底激光治疗镜、五分类血球记数仪和成套的试管婴儿中心实验室设备，辅助检查功能配套、齐全，能为各临床科室提供全方位的医技检查。全院各部门实行计算机网络管理，出入院结帐快捷、方便。
小儿内科是泉州市儿童医院的支柱学科，技术力量雄厚，几十位高、中级医护骨干中，享受国务院政府特殊津贴专家三名，居全省同行之首。儿内科分设NICU、PICU、新生儿、神经康复、哮喘、肾脏血液六个专业病区和相应的专科门诊。在小儿重症监护、新生儿缺氧缺血性脑病、小儿癫痫、儿童哮喘、免疫功能低下的诊疗和儿童个性、行为异常、遗传病系列研究等领域技术领先、多次荣获省、市科技进步奖。儿童保健科0-3岁儿童早教、感觉统合训练、性早熟和铅中毒防治等方面居全省领先水平。
小儿外科是泉州市儿童医院的重点专科，拥有成套的麻醉工作站及先进的监护设备。在《中华小儿外科杂志》编委、小儿外博士王祖耀教授的率领下，成功地开展了包括小儿普外、小儿普胸、小儿骨科、小儿泌尿、小儿整形及新生儿外科等多个亚专业的手术，其中联体婴儿分离术及省内首例产房外科手术等多次被省内外新闻媒体报道。许多手术如先天性食道闭锁食道吻合重建术、新法漏斗胸畸形矫正术、经肛门先天性巨结肠根治术的治疗效果达到国内先进水平，目前是福建省综合实力最强的小儿外科中心。
妇产科拥有一流的净化产房、贵宾待产室和成套的产前筛查、产前诊断实验设备。妇科以“微创手信”为特色，在我市率先开展妇科腹腔镜的检查与手术治疗；产科以“无痛分娩”为支柱，配合“孕期胎儿先天性缺陷的筛查、诊断”和“实行孕产妇、婴幼儿保健一条龙服务”，富有特色。有较好的前景和业务发展空间。
眼科与北京同仁医院合作，成套引进国外眼科先进设备，以“连锁经营”的方式组建“泉州北京同仁眼科中心”，代表国际先进水平的同仁眼科专家长期坐诊，多种高难度眼科手术的开展填补了省内眼科诊疗的空白，达国内先进水平。
小儿心血管中心，是在我国小儿先心病外科创始人丁文祥教授的倡导下，我院与上海儿童医学中心合作组建的小儿心血管诊疗机构——“上海市小儿先心病临床医学中心泉州分中心”。她成套引进国际心血管外科的先进设备，代表国内小儿心外领先水平的上海专家长期在我院“传”、“帮”、“带”。目前，许多高难度的小儿心外手术达省内领先、接近国内先进水平。
近年来，泉州市儿童医院坚持以市场为导向，走临床与保健机构结合的道路，业务建设超常规发展，连续十年年均经济增长超过30％。十五年来，全院在国家、省级刊物发表学术论文900多篇，16个课题21次荣获省、市、厅级科技进步奖，硕果累累，成绩斐然。