武警上海市总队医院创建于1948年。1982年8月由上海警备区警备师医院改编为“武警上海市总队医院”。1990年11月医院新院正式落成使用，医院进入了全面发展时期，已成为集医疗、教学、科研、预防为一体的武警部队大型综合性“三级甲等”医院，为上海市医保定点医院，是武警医学院、滨州医学院、南京医科大学、徐州医学院、蚌埠医学院、皖南医学院、锦州医学院等院校的临床教学医院。
医院现有床位463张，近期将扩大到700余张，在册职工800余人，中高级技术人员300余人。医院领导注重对青年人才的培养和使用，通过引进、外送培养高学历层次青年医师充实各专科力量。目前，全院有博士、硕士研究生60人。设有内科、外科、妇科、儿科、肿瘤科、骨科、麻醉科、急诊科、传染科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、皮 肤科、中医科、门诊部等11个病区、26个临床专业和12个门类齐全、检测先进的医技科室及其它业务科室。医院年完成门急量40余万人次，治愈出院病人1万余人次。齐全的科室设置和强大的医护力量，为来院就诊的患者提供了快速、全面的医疗服务。
我院积极引进医学科学新技术，追踪国内外医学科学发展方向和高精技术，积极开展新技术新业务。先后引进64排和16排螺旋CT、MRI、DR数字X光机、大型DSA机、PET-CT、γ刀、高分辨率手术显微镜、准分子激光、超声刀、钬激光碎石、血液净化机、ICU和CCU全套监护护理设备等多种先进的大型医疗设备。能有效诊治常见病多发病，能开展重大创伤急救，能组织重大战备医疗保障。能为部队、地方培养各类卫生技术人员，平均每年接收各类进修人员10余人，接收全国重点院校实习生180余人。2002年至2013年申报武警部队科研立项近250项，获武警部队医疗成果奖、科技进步三等奖以上共计40项，科研成果的临床应用，促进了医院技术的全面发展。
医院坚持“科技兴医、质量建院”方针，注重加强专科建设和人才培养，肿瘤放射诊疗中心、心血管诊疗中心被评为武警部队专业诊疗中心，烧伤专业被列为区重点特色专科，血液专科的自体外周造血干细胞移植治疗血液肿瘤获99年上海市卫生局临床医疗成果三等奖，RPPA溶栓治疗急性脑梗塞获2005年度上海市医学科技三等奖，腹腔镜手术、烧伤救治、血液净化、妇科、不孕症治疗以及泌尿、肛肠、准分子激光、超声乳化等特色专科在上海地区有广泛影响。医院近年在上海市医院管理年及“三好一满意”检查中均取得好成绩。医院与上海多家大医院保持联系，各科配有专家教授定期查房，并可根据需要邀请外院专家手术等技术指导。
在抓好医疗质量的同时，医院还十分重视精神文明建设。持续开展“岗位学雷锋，满意在医院”活动，良好的医德医风得到了就诊病人的广泛赞誉，病人满意率始终保持在95%以上。病人收治量每年以两位数的增长率持续递增。医院相继涌现出了受到武警总部表彰的党风廉政建设先进个人、巾帼建功先进个人、模范护士、优秀党员，以及上海市“三八红旗手”、“新长征突击手”、防治“非典”工作先进个人等大批先进典型，获上海市“著名专家”称号的沈观印主任、获上海市“高尚医德奖”提名奖的程守科主任，他们的先进事迹在社会上广为传颂。
医院被武警总部评为先进医院。还多次被评为市卫生系统文明单位、文明规范服务达标单位，医院还连续多年被评为上海市“军民共建先进单位”、“绿化先进单位”、爱心助老特色基地，以及市、区文明小区。进入新世纪以来，医院连续两届被评为市级文明单位。