南通大学附属医院创建于1911年，是一所省属大型综合性教学医院，1994年被卫生部审定为三级甲等医院，1998年被卫生部确定为国际紧急救援中心网络医院。医院占地面积近130亩，建筑面积8.8万余平方米，开放床位1120张。2007年，年门诊量达112.25万人次，年住院量3.69万人次，年手术1.64万台次。 医院现有职工1700余名，其中正高级专家110余名，副高级专家180余名，享受国务院特殊津贴专家26名。医师队伍中有博士41名，硕士219名，省“科技兴卫”工程重点人才5人；省“135工程”重点人才4人；省“六大人才高峰”资助对象4人；省“333工程”高层次领军人才2人；省“333工程”高层次中青年带头人5人；省“333工程”培养对象6人；40余名中青年业务骨干被评为省、市学术、技术带头人及培养对象。 医院现有31个临床科室，20个医技科室，17个研究室、实验室。手外科为江苏省十大临床医学中心之一；内科学、外科学为省“十一五”重点学科；眼科学、实验诊断学为省医学重点学科；胃肠病学、神经病学为省医学重点建设学科；普外科、骨科、消化内科、血液内科、心血管内科、肾内科、神经内科、眼科、皮肤性病科、检验科为省级临床重点专科。临床医学为一级学科硕士学位授权点，硕士研究生导师90余名。开展了脏器移植、介入治疗、微创手术、人工全髋关节置换等一系列高新技术。
医院拥有3.0T核磁共振扫描仪、16排螺旋CT机、SPECT、全数字化多功能胃肠造影机、全数字化平板乳腺摄影机、准分子激光治疗仪、平板DSA、多功能数字摄影机（CR）、直线加速器等大型医疗仪器设备330余台。
医院坚持科教兴院，2007年获省、市科技进步奖及新技术引进奖38项。在省级以上杂志发表论文482篇，SCI收录16篇，获科研项目31项。