哪个公司能测通DNA样品高级结构
你这个问题我觉得要从很多个角度才能够客观全面地去回答。1。如果你是从测序结果来判断你的某个标本的某段碱基由于含有明显的高级结构而没有测过去,那么可以尝试从反向开始继续测通这个样品。当然,有的高级结构是很明显的碱基的特殊排列而形成,很容易发现。 2。也有的高级结构成因目前不是非常清楚,但是单分析sanger测序法的测序结果图,其峰图与由于含有特殊碱排列而测序中断的峰图非常相像。这时,除了尝试用第一条方式去测序之外,还要考虑DNA模版的纯度,和测序引物的纯度,当然,从现有的数据看,这方面的影响因素相对较小,应该占这类样品总数3%或者更低。 3。优化测序时的PCR反应条件,包括优化模版DNA...全部
你这个问题我觉得要从很多个角度才能够客观全面地去回答。1。如果你是从测序结果来判断你的某个标本的某段碱基由于含有明显的高级结构而没有测过去,那么可以尝试从反向开始继续测通这个样品。当然,有的高级结构是很明显的碱基的特殊排列而形成,很容易发现。
2。也有的高级结构成因目前不是非常清楚,但是单分析sanger测序法的测序结果图,其峰图与由于含有特殊碱排列而测序中断的峰图非常相像。这时,除了尝试用第一条方式去测序之外,还要考虑DNA模版的纯度,和测序引物的纯度,当然,从现有的数据看,这方面的影响因素相对较小,应该占这类样品总数3%或者更低。
3。优化测序时的PCR反应条件,包括优化模版DNA和引物,染料的配比,变性和延伸时间等。通过这一系列优化后能够成功的结果,在这类样品的数据统计里,大概占8%-13%左右。4。当你尝试了上述所有方法之后,发现结果与之前的还是一样的话,不用着急。
那么你的这个样品98%可能是至少大于2K以上的片段。这个就可以考虑到分段测序法。总的思路就是要么随机打断你的这个样品,然后再把打断后的标本进行饱和测序;或者,如果你的这个样品大部分是已知序列,针对未知区域设计一对PCR扩增引物,扩增片段不大于1。
5K,然后测序。5。上述所有阐述都是基于sanger测序原理来分析这个问题的,如果是第二代测序仪,理论上是不存在这个问题,虽然思路上部分相像,但是原理是不一样的,所以不存在高级结构测不过去这一说。
6。目前全球的sanger测序法都源于美国,试剂耗材都是美国进口的,没有哪家公司能够打包票说它能接别的公司测不出或者是测不过去的样品。这样的公司还没有申请注册。收起