哈尔滨医科大学附属第二医院创建于1954年，是集医疗、教学、科研、预防、保健和康复为一体的大型综合性三级甲等医院。
医院占地面积50万平方米，建筑面积37万平方米，拥有1个门诊部、6个住院部，3所“院中院”―― 《风湿病医院》、《心血管病医院》和《五官医院》。全院职工3241人，其中正、副高职732人，博士生导师62人，硕士生导师203人,享受国务院特殊津贴16人。编制床位2600张，年出院病人8万余人次，年门诊量超过100万人次。医院设有44个临床科室、13个医技科室，拥有国家新药临床实验研究中心、国家药品临床研究机构、省部共建教育部心肌缺血和诊疗 技术重点实验室、黑龙江省器官移植中心、产前诊断与遗传病诊断中心、血液净化中心、风湿病研究所、心血管外科研究所、黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室、黑龙江省高校药物研究重点实验室、移植免疫基础与临床应用重点实验室、麻醉基础理论与应用重点实验室、哈尔滨医科大学血液病研究所、药学药物研究所、呼吸病研究所、生殖内分泌医学中心。医院拥有伽玛刀、X刀、3.0TMRI、64排螺旋CT、DSA、ECT等先进医疗设备。拥有先进的院科研实验中心和院实验动物中心。
医院坚持开展高、精、尖医疗新技术，成功地完成心脏移植、肺移植、肝脏移植、脾脏移植、肾脏移植、睾丸移植、心肺联合移植、胰肾联合移植、甲状腺-甲状旁腺-胸腺联合移植、角膜移植、骨髓移植等移植工作，使我院在器官移植种类、技术和质量等方面都居国内领先地位。截至2009年4月26日，“换心人”杨玉民已经术后17年，现仍健康生存，创造了心脏移植术后生命质量挺好、生存时间最长的亚洲记录。心脏移植课题组在2002年荣获国家科技进步二等奖。肝脏移植病人也已健康存活12年。2006年成功完成全主动脉置换手术，成为国内能够开展此项技术的两家医院之一。医院以“病员至上，细心医护”为院训，重视医德医风建设，开展“以病人为中心”的整体护理工作，满足、方便了不同层次患者的医疗、保健、康复需求，使我院整体护理工作走在了全国的前列。2001年4月，哈尔滨医科大学护理学院在我院成立，同年5月，我院护理部李秋洁主任荣获第38届国际南丁格尔奖。
作为哈尔滨医科大学临床医学院，医院拥有三级学科博士点32个，临床医学博士后科研流动站和临床药学博士后科研工作站各1个,国家重点（培育）学科1个，省级重点学科11个,省特聘教授岗位学科8个。承担博士生、硕士生、本科生等多层次、多轨道临床教学任务。拥有5200平方米独立的教学大楼，有多媒体教室及语音教室，有81台计算机的网络教室。医院投巨资创建临床模拟 教学中心，设9个技能室，培训44名标准化病人，广泛应用于临床教学。医院拥有13400平方米本、专科学生公寓，16000平方米的研究生公寓。
医院重视科研工作。2001年以来各类课题共1060项，其中国家“863”、“973”、国家“十五”攻关、国家“十五”支撑计划合作课题34项；国家杰出基金1项；国家自然科学基金66项。获各级科技成果奖177项，其中成果奖1项，省部级成果奖87项。在各类期刊学会上发表学术论文7164篇，被SCI收录139篇。积极开展对外交流与协作，与美国匹兹堡大学、迈阿密大学、加拿大多伦多大学等26所大学与医学院有着广泛的联系，并开展了多项科研合作，10年来仅在美国匹兹堡大学培训医务人员已达100余人次，该大学成为我院国外培训的重要基地。几年来，医院加强了内、外环境的改造。2003年与国际接轨的现代化外科楼落成；2008年新门诊大楼投入使用，实现了病房“宾馆化”、庭院“花园化”，为病人营造了一个温馨、舒适的就医环境。2000年医院投资在阿城兴建了260万平方米的科技园区，拥有国际标准高尔夫比赛球场。
一流的技术、一流的服务赢得了社会广泛赞誉。医院曾多次荣获国务院、国家劳动人事部、卫生部、省政府嘉奖；先后荣获“三级甲等医院”、 “全国百佳医院”、“全国卫生系统先进集体”、“全国绿化四百佳单位”、国家十四部委授予全国科技、文化、卫生“三下乡”先进集体、“全国五一劳动奖状”等光荣称号。今天的哈医大二院已成为学科齐全、设备先进、技术精湛、环境优美的现代化医院和临床医学院；展望未来，哈医大二院将坚持“质量建院、创新立院、人才强院、科教兴院”的方针，为早日实现国内一流、国际有影响的医院而努力奋斗。
