亚东医院现设有心脏医学中心、内科、外科、妇产部、小儿部及其它医疗专科合计44科；医事单位计有临床病理科、组织病理科、影像医学科、核子医学科、护理部、药剂部及营养科，均能有效提供完善的医疗服务。在设备方面，近年来陆续引进较新的仪器，如国内首部全球较新型双射源计算机断层扫瞄仪(Dual Source CT)、导航螺旋刀(Tomo Therapy)、准分子雷射仪等，辅助提升诊断及治疗效果。现有建物楼地板面积67,206 平方公尺，总病床数1096床，每日门诊服务量超过4,000人次、每日急诊服务量近400人次，已是全国第二大量，占床率亦维持在85%以上，可说是以最完备的医疗团队及较先进的医疗设备，为大台北地区的居民，提供最优质的医疗服务。