重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授予点、博士后流动站，是首批儿科学国家重点学科、教育部重点实验室、国家级国际科技合作示范基地、国家级继续医学教育基地、国家级教学团队、国家精品课程、国家食品药品监督管理局药物临床试验机构、全国住院医师规范化培训示范基地、国家级儿童早期发展示范基地、国家干细胞临床研究备案机构、重庆市儿科临床医学研究中心；拥有重庆市重点实验室3个和重庆市干细胞治疗工程中心；先后获得全国文明单位、全国“三八”红旗单位、全国优秀卫生计生机构、全国卫生系统先进集体、全国精神文明建设工作先进单位、全国医德建设先进单位，国家卫计委医政医管局2016年“改善医疗服务示范医院”、国家卫计委“2015—2017年改善医疗服务先进典型”构建和谐关系示范医院。在全国最佳医院排行榜中位居全国儿童医院第三位。
医院现有教职员工3200余名，博士生导师26名、硕士生导师180名，高级职称专家268名、享受政府特殊津贴专家14名。是中华医学会儿科学分会、中华预防医学会儿童保健分会、中国医院协会儿童医院管理分会副主任委员单位，是《中华儿科杂志》、《中华小儿外科杂志》、《中国实用儿科杂志》、《临床小儿外科杂志》等杂志副总编、副主编单位及国内10余家杂志副总编和编委单位；是国家规划教材《儿科学》第六版主编和第七、八版副主编单位；是统编教材《儿童保健学》第一版主编和第二、三版共同主编单位；是《小儿外科学》第四、五版和《儿科人文与医患沟通》共同主编单位，《小儿传染病学》第四版、《儿科双语教材》、《儿科医生实习手册》副主编单位。是重庆市医学会儿科专委会及小儿外科专委会、重庆市康复医学会、重庆市营养学会妇幼营养专委会主任委员单位。
医院现有渝中院区和礼嘉院区两个院区，共编制床位2480张。开放总床位1700余张。2017年门急诊量290.9万人次，住院量7.97万人次，外埠病人比例近40%。医院专业设置齐全，是美国心脏协会（AHA）授权认证的心血管急救培训中心、全国联网的儿童急救中心、国家级儿童早期发展示范基地、全国首批“出生缺陷干预救助示范基地”、国家卫生计生委先心病介入培训基地，是国家干细胞临床研究备案机构、全国唯一一家拥有肝脏移植资质的儿童医院，是重庆市哮喘防治中心、重庆市危重新生儿及早产儿急救中心、重庆市儿童营养研究中心、重庆市新生儿筛查机构、重庆市儿童创伤诊治中心、重庆市儿童五官诊治中心、重庆市儿童发育行为与心理健康中心、重庆市儿童康复中心、重庆市儿童危急重症救治中心，共有42个临床和医技科室，儿童重症医学、小儿呼吸科、新生儿科、小儿外科、儿科临床护理获国家临床重点专科建设项目。罕见病（PID）诊治技术、肝移植技术、脐带血造血干细胞治疗技术、先天性心脏病介入诊疗技术、介入肺科学技术、儿童癫痫手术、微创外科手术、极低出生体重儿综合救治及HIFU治疗儿童实体肿瘤等技术均达国家一流水平。
儿科学院是全国规模最大的儿科医师培养基地和儿科学国家级继续教育基地、住院医师规范化培训基地，承担着临床医学（儿科方向）本科、硕士、博士、博士后教育及临床进修、医师规范化培训等教学任务。年招收本科、硕士、博士研究生400-500名，进修生及规范化培训人员200-300名。拥有先进、齐备的教学设备和临床技能训练室供学员学习和模拟训练。
儿科研究所为医院科研的重要基地，是发育与疾病教育部重点实验室，以“发育与疾病”为主线形成“免疫与感染”“神经精神疾病”“先天畸形与组织工程”“肿瘤发病机制与个体化治疗”四大方向，初步形成基础与临床相互合作与渗透的构架。小儿临床免疫、儿童保健、儿童呼吸病学、泌尿外科和新生儿病学是重庆市医学重点学科。团队引进多名加拿大UBC大学（包括皇家科学院院士和健康科学院院士各1名）和其他海外大学高端科研人才，荣获中组部“千人计划”称号、教育部“长江学者”讲座教授、重庆市首届“两江学者”等。医院保持了全国儿科学科学研究的先进地位：牵头国家卫生计生委行业公益性科研专项1项（1399万元），国家自然科学基金重点项目资助3项，国际合作重点项目两项，获国家自然科学基金资助项目数连续10年名列全国儿科界第一位。
医院高度重视国际交流与合作，已经与16所国外一流大学、科研机构建立了稳定的合作关系，与美国辛辛那提儿童医学中心、英国伦敦大学医学院儿童健康研究所等单位建立长期全面合作关系。
医院主动承担社会责任，参与公益活动，申请到“明天计划”、“微笑列车”、“重生行动”、“肢残儿童矫治计划”、 神华集团捐赠“白血病基金”等各种基金项目，并牵头建立 “重庆市希望工程--小天使基金”，为缓解贫困疾病儿童看病难做出了积极贡献，获全国妇联慈善贡献奖。
医院坚持开放合作，共同发展，牵头组建西部儿科发展联盟，并担任联盟理事长单位，该联盟辐射西部10个省区市，联盟成员共计132家。牵头组建重庆市儿科发展联盟，全市39个区县、61家儿科医疗单位共享优质医疗资源。为促进中国儿科事业发展做出了积极贡献。