哈尔滨市儿童医院创建于1955年，作为黑龙江省唯一一所三级甲等儿童专科医院，承担了黑龙江省及周边地区0―18岁儿童各种疾病的诊疗、急救、预防保健、康复、健康教育等工作。儿童医院现有编制床位900张，33个专业和临床科室，22个医技科室。以儿内科、儿外科(含眼科、耳鼻喉科)、急诊急救为主体，以语言治疗中心、青春期门诊、听力筛查诊治科等一系列科室为特色。
现有2个省级质量控制中心，1个市级研究所，1个市级重点领军人才梯队学科，2个市级领军人才梯队学科。被授予“黑龙江省儿科急诊急救基地”、“中华放射学会东北三省儿科影像基地”称号。2009年，被授予“黑龙江省儿童医疗中心”称号。成立全国第三家、东北三省首家—“美国微笑联盟·哈尔滨市儿童医院唇腭裂治疗中心”。
多年来，医院先后与加拿大埃德蒙顿市阿尔伯塔大学儿科系、韩国富川世宗病院、韩国延世大学医学院、韩国首尔大学医学院建立友好医院;并搭建了与美国霍普金斯大学医院、香港大学玛丽医院长期访问、交流的平台;与北京儿童医院、上海儿童医学中心等诸多国内知名医院进行学术交流、讲学活动、人才培养计划。致力于将医院科研工作做大做强，形成医教研相互促进的良性循环，创建一所研究型医院。
医院现建筑面积49770㎡，占地面积：30800㎡，医疗用房44800㎡，现在建内科综合楼建筑面积18675㎡，分为地下一层和地上十四层预计于2013年6月投入使用。编制床位650张。我院目前核定编制数为801人，现实有在编职工779人，编制内医生277人，护士319人;编制外医生15人，护士162人。2011年，医院完成门诊量为75.9 万人次，同比增长6.65%;出院人数2.9万人次;手术4873例;治疗有效率为97.5%;危重病人抢救成功率94%;死亡率已连续两年维持在0.1%，婴儿死亡率为0.07%。