北京协和医院西院位于北京市西城区大木仓胡同41号，占地面积16000平方米，建筑面积60400平方米。截止至2017年11月，住院床位174张，年门诊量59万人次，日门诊量约2200人次。
主要科室及特色：
风湿免疫科
北京协和医院风湿免疫科于1980年建科，是我国最早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家教授及富有朝气的青年人才队伍。风湿免疫科是国家教委唯一风湿病专业全国重点学科、卫计委风湿病临床重点专科、风湿免疫病教育部重点实验室。自2009年起连续8年在全国风湿病学专科排名名列第一，是业界和百姓公认的风湿免疫病的领军学科。
风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研第一线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。科内设有常规实验室和科研实验室，可以检测近百种自身抗体，为国内最大的自身抗体检测中心之一。出诊医师正副教授20余人，主治医师10余人，分别在东西院区普通、特需、夜间和国际门诊出诊。为全国众多常见风湿免疫病患者提供最规范的诊治，为风湿免疫病疑难重症患者提供最终诊断和综合治疗，大大改善了风湿免疫病患者的预后，得到患者和家属的认可和信赖！
肿瘤内科
肿瘤内科建立在协和内科深厚综合能力的基础之上，充分利用协和扎实的内科治疗功底，凭借协和多学科强劲的综合实力，为肿瘤患者提供先进、规范、经济而有效的治疗。
目前肿瘤内科针对各种实体肿瘤（不包括妇科肿瘤），如肺癌、食道癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤、乳腺癌、头颈部肿瘤、肾癌、黑色素瘤、男性生殖细胞肿瘤以及软组织肉瘤等开展以下方面的工作：
术后辅助化疗和晚期转移性肿瘤的姑息化疗；生物治疗和分子靶向治疗等综合治疗；与放疗科协作进行化疗和放疗的综合治疗；与手术科室协作进行新辅助化疗(即术前辅助化疗)。
肿瘤内科参与首都医学发展科研基金项目、“863”基金项目以及“十一五”国家自然科学基金项目等大型研究，在对恶性肿瘤进行的学术攻关中成绩斐然。
多年来，肿瘤内科采用经循证医学证实的方案，结合肿瘤治疗的最新进展，努力使患者得到最新、最好和最适宜的治疗。
普通内科
为满足大众对连续性、综合性医疗服务日益增强的需求，内科学系的新专业——普通内科于2004年3月在北京协和医院率先成立。作为国内第一个集医教研为一体的学术性普通内科，为不同患者人群提供多层次的医疗服务：
内科常见病、多发病患者：我们为患者提供基本医疗与专科医疗相互协调的高质量的医疗服务。
难以分辨就诊专科的患者：包括多系统损害诊断未明或共病需要协调诊治的患者。
科室特色门诊包括痛风专病门诊：为痛风患者进行诊断和药物治疗，同时注重长期随诊和非药物干预。普内全科门诊：面向东城等邻近社区开放，预约转诊患者，满足社区患者分级诊疗的需要。
普内疑难病门诊：在兄弟科室的支持下，成为北京协和医院的内科疑难病诊治平台，成功诊治了来自全国各地的大量疑难病、罕见病患者。
乳腺外科
协和乳腺外科对乳腺良恶性疾病的诊治预防工作居于国内领先水平，在国内率先开展了以立体定位等方法进行的乳腺癌的早期发现研究，首先应用了乳腺癌的中心象限保乳术以及环乳晕切口的多肿瘤切除，率先开展了保留皮肤的乳腺癌改良根治术+I期扩张器植入术等技术，兼顾了乳腺癌手术的安全与美学平衡。对于乳腺癌的治疗形成一体化全程治疗，包括手术、化疗、内分泌药物及靶向药物治疗，治疗规范、手术并发症远低于平均水平，是“北京市乳腺癌治疗路径”制定单位。对于良性肿瘤及乳头溢液等病变采用微创入路或隐蔽切口手术，治疗彻底、注重美观。目前正在主持多项国家级科研项目。
整形美容外科
北京协和医院整形外科始建于1952年，由中国整形外科创始人之一的宋儒耀教授担任主任。1957年整形外科脱离协和医院，历经扩建、迁移及解散。60年代末，北京协和医院恢复整形外科，仍由宋儒耀教授领衔。1979年，再次脱离协和医院，扩建为整形外科医院。为与国际接轨，提高综合实力，创建世界级水平的综合医院，北京协和医院于2003年再次恢复整形外科。目前为中华医学会整形外科分会副主任委员、北京医学会整形外科分会主任委员及中国康复医学会修复重建外科分会常委所在单位，国家整形外科重点专科单位。现任主任王晓军教授。
北京协和医院整形外科历经六十余年的发展，已形成技术领先、学科齐全、集医疗、教学、科研于一体的整形中心，拥有雄厚的人才、设备及多学科合作优势，与国内外整形美容外科学界有广泛密切的联系及合作，是中国协和医科大学整形外科学硕士、博士学位授予点，现有博士、硕士研究生导师7名，医学博士17人，硕士2人，博士、硕士研究生10余名。科室先后编纂了《整形外科学》、《整形外科手术学》、《整形外科手术图谱》、《整形外科学手册》、《整形外科临床诊疗规范》、《名院丛书整形外科分册》、《女性整形美容外科学》、《乳房整形美容外科学》、《乳房美容外科学》、《乳房美学外科》、《乳房整形手术学》、《面颈部整形美容外科学》、《临床脂肪抽吸技术》、《局部麻醉学》、《注射充填美容医学》等众多专著，并出版《整形美容外科指南》、《整形美容系列丛书》、《牵手美容》等科普书籍。拥有多功能B超、内窥镜、激光、多普勒、正电子治疗仪、PRISMA以及微晶磨削、毛发移植等先进的专用器械、设备。
北京协和医院整形外科的治疗范围涵盖了整形再造外科及整形美容外科的所有领域，所采用的治疗手段均是获得国内外整形外科界公认的安全有效的方法。
北京协和医院整形外科以患者为中心，实行24小时优质服务。东西两院均设有门诊及门诊手术室，就诊条件舒适方便，医疗环境典雅幽静；病房位于东院，设有各种规格的病房及三十余张病床，以满足各阶层人士的需要。我们整形外科的全体医护人员愿意用优良的技术和优质的服务帮助来我科就诊的患者重塑理想的形象，重建生活的信心，重回精彩的世界！