医院历史可追溯至1888年英籍埃及人巴阿美（A. Falmy）在漳州创办的福音医院,至今已有130年的历史。在市委、市政府的关心重视下，现已发展为医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救为一体的三级甲等综合公立医院，是福建医科大学非行政隶属附属医院。担负着漳州市辖区500多万群众的疑难重症的抢救、医疗任务，被国家卫计委授予“国际紧急救援中心网络医院”。
医院现有3个院区（总院编制床位2000张；龙文院区以产科、儿科为主，编制床位560张；朝阳分院以传染病及康复医学为主，编制床位70张）。现有临床医技科室54个，护理单元54个，职能科室15个。拥有7个临床专业获国家药物临床试验机构资格认定，18个专业基地获国家级住院医师规范化培训基地认定，2个专业基地获国家级临床药师培训基地认定，13个福建省住院医师规范化培训基地，1个省级急诊急救专科护士培训基地。急诊及重症病房共6个，床位176张。
医院重视建设政治素质高、医术精湛、医德医风好、结构合理的人才队伍。全院职工3025人，高级技术职称358人，其中正、副主任医师267人，中级技术职称776人。硕士学位330人，博士学位15人。福医大教授1人，副教授15个，享受国务院政府特殊津贴1名，博士研究生导师1名，硕士研究生导师18名。
医院注重学科建设和技术创新，大力引进和开展新技术、新项目，整体医疗水平显著提高，形成院有重点、科有特色、人有专长的良好格局。普外科、儿科、泌尿外科为省级重点学科，血液科、肾内科、普二科、泌尿外科、神经外科、超声科、儿科、消化内科是本院的重点学科。肿瘤内科、外科、放射等综合治疗，胸心外科、心血管内科、微创外科、血管外科、脊柱外科、神经内外科、妇产科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、血液透析、血液科、整形外科等专业在本地区处于领先地位。开展体外循环心脏不停跳心内直视手术、冠状动脉搭桥术、冠状动脉造影术、经皮冠状动脉腔内成形术(PTCA)等心脏手术，自体肝移植手术，异基因造血干细胞移植术、自体造血干细胞移植术、射频消融术、血浆置换术、新生儿重症救治，以及腔镜、微创、介入等高新技术项目达到省内外先进水平。近5年来，获市厅级及以上科研立项132项，其中省部级以上课题34项，获福建省科技进步二等奖1项，厦门市科技进步二等奖1项，漳州市科技进步三等奖6项。
拥有先进的3.0T超导型磁共振、128层CT、SPECT/CT、大型心脑血管造影系统(DSA)，彩超、直线加速器、全自动生化分析仪、腹腔镜、胸腔镜、关节镜、电子胃镜、胶囊内镜、超声内镜、数字乳腺摄影系统、口腔X线计算机体层摄影系统、光学相干断层成像仪、高压氧舱等大型先进设备和齐全的常规检查设备，为临床诊疗水平的提高提供有力的保障。
医院始终坚持“以病人为中心、以质量为核心”服务宗旨，秉承“精诚博学、仁爱致远”院训，不断提高医疗质量和服务水平。先后荣获“全国精神文明建设先进单位”、“全国文明单位”、“全国院务公开示范点”、“全国模范职工之家”、全国优秀价格监测定点单位、外科ICU荣获“全国巾帼标兵岗”等多项荣誉。百年医院胜百年，漳州市医院将继续携仁爱之道，传承百年，再铸辉煌！