重庆市第九人民医院位于缙云山麓、嘉陵江畔的北碚主城区内。其前身为卢作孚先生1927年创办的峡区地方医院。抗战爆发后，国立江苏医学院于1939年（现江苏省人民医院）搬迁到此。1953年医院正式命名为“重庆市第九人民医院”隶属重庆市卫生局。1994年医院成为重庆市医疗急救分中心。1997年重庆直辖后医院又划归北碚区卫生局管理，2001年重庆市政府将“重庆九院”规划为重庆北部区域医疗中心，2003年医院被评审为三甲医院。2013年通过三甲复审，目前重庆九院已发展为重庆北部地区最大的医疗中心、重庆医科大学北碚附属医院、第三军医大学教学医院、美国加州圣盖堡医院友好医院。医院的三大定位是：医院成本管理研究全国领先；儿童孤独症康复治疗中国西部领先；医教研综合实力重庆北部领先。
医院有一个本部和三个分院，占地面积6.26万平方米，建筑面积11万余平方米，固定资产总值6.09亿元。目前开放床位1050张（编制床位1200张），在岗员工1700余人，其中高级职称技术人员203人，博士、硕士生（含在读）235人。现拥有各种先进的医疗仪器设备价值2.05亿元，年均门诊病人量70余万人次、收治住院患者4万余人次、年开展各类手术万余台。
医院通过实施人才强院战略，专科水平和综合实力有了较大提升。有硕士生点8个、2个省部级“中心”，15个省部级重点学科（专科）、特色专科，9个区级重点专科。其中医院成本控制研究室为重庆市卫生局重点研究室，2015年底批准为“重庆市医院成本管理研究中心”；儿童孤独症专科为市医疗特色专科、“重庆市儿童孤独症康复治疗中心”、全科医学科为重庆市医学重点学科；儿科、急诊医学科、内分泌科、神经内科为重庆市临床重点专科；肾内科（血液净化）、胸外科（食管疾病）为重庆市医疗特色专科，风湿科、神志病科、康复科为重庆市中医重点专科建设项目；肝胆外科、儿科、内分泌科为重庆市区域医学重点学科；消化内科、内分泌科、妇产科、普外科、骨科、神经内科、心血管内科、感染科、肿瘤血液科为区级重点专科。
医院始终坚持“情系民生、追求卓越”的办院理念，坚持走低成本支撑差异性发展的道路。在全国率先进行了公立医院平衡计分卡战略绩效管理系统、医疗资产优化重组、人事分配机制、健康教育与健康促进、三甲医院兴办社区卫生服务、医院成本管理研究等诸多方面的探索和改革。逐步形成了医院质量、安全、成本、消耗一体化的医院战略和科室规范化建设为主的医院战术，其战略战术的结合点为平衡计分卡和PDCA的医院特色。
近年来，九院人以推动医院公益性、科学性、创新性发展为己任，不断强化内涵建设，连续实现3个五年规划目标。在改革创新的道路上不断摘金夺银，先后荣获全国“五一”劳动奖状、全国卫生系统先进集体、全国百姓放心示范医院、全国模范职工之家、首届全国医院科技创新奖，全国公立医院改革创新奖等为代表的全国集体荣誉近30项。荣获以白求恩精神示范医院、重庆市五一劳动奖状为代表的市级荣誉，以北碚区首届伯乐奖为代表的区级荣誉上百项。还荣获全国劳模、全国五一劳动奖章、全国优秀院长、全国巾帼建功标兵、卫生部城乡医院对口支援先进个人、中国好人、全国优质护理服务先进个人、优秀援藏干部、重庆市劳动模范、北碚区首届杰出突出贡献奖等一系列个人荣誉。
2017年，医院与两江新区管理委员会签署合作协议，由委员会投入4.2亿元，在北碚水土高新技术产业园区新建一所拥有500张床位，占地面积96亩，总建筑面积约6万平方米的综合性三甲公立医院，定名为重庆市第九人民医院两江分院。