黑龙江省医院是1954年于原松江省与黑龙江省合并后，在原两所医院的基础上组建起来的一所综合性省级三级甲等医院。1988年日本全国自治体病院协议会无偿提供部分医疗设备，上级批准进行装修扩建，使医院的医疗技术基础得以加强。为纪念中日友谊，经省政府批准，称黑龙江省医院暨黑龙江省中日友谊医院。2002年成为哈尔滨医科大学第六临床医学院。
医院占地面积4万平方米，总建筑面积达15万平方米，其中医疗用房12万余平方米。病床1200张，医疗设备总值1.9亿元，50万元以上大型设备39台(件)。工作人员1835人，卫生技术人员1341人，主任医师171人，副高职人员323人，各级护理人员717人，享受省政府特殊津贴20人。年门诊量70万人次，年收治住院病人30000人次。医院设一个住院部、一座分院和附属消化病医院、两个门诊部;一所附属护校;四个挂靠研究所设在我院，即黑龙江省老年医学研究所、黑龙江省烧伤研究所、黑龙江省消化病研究所、黑龙江省临床药学研究所。住院部设有32个临床科室，14个医技科室，10个教研室。同时设有肿瘤放射治疗中心，准分子激光近视眼治疗中心，急诊急救中心，放射免疫检验中心，整形美容中心，介入治疗中心，脊柱激光治疗中心、黑龙江省——美国思达心脏中心。
ECT、全身螺旋CT、磁共振(MRI)、双C臂全数字心、血管造影机(DSA）、乳腺X光机、电子胃镜系统、CR影像系统、中央监护系统等50万元以上大型设备39台(件)。
1958年医院被评为全省文教群英会先进集体，1960年全国文教群英会先进集体，1991年被评为全国卫生系统先进集体，1992年被评为三级甲等医院，1993年被评为省直文明标兵单位、爱婴医院，1994年被评为“创百所信得过医院，争做最佳医务人员”活动优胜单位，1997年被评为全省卫生系统先进集体。1998年被评为全国“百佳医院”，全国“抗洪防病”先进集体，1999年被评为全省卫生系统先进单位、省级文明单位。2003年被评为全国抗“非典”先进集体。