广东三九脑科医院是一所集临床、科研、教学为一体的脑专科医院，系国务院国资委全资建设的现代化大型三级甲等脑专科医疗机构。医院于1994年经国家卫生部批准设立，系央企华润集团旗下的“明星医院”。原全国人大副委员长吴阶平、原国家卫生部部长陈敏章为医院题写了“勇攀医学科学高峰，不断提高诊治水平”、“发挥专科优势，争创一流技术”，对医院建设取得的成绩予以赞扬和勉励。
目前医院设有41个临床诊疗和功能检查科室，神经外科和康复科上榜广东省“最强学科”。经过20多年的发展，医院已经逐渐形成了一批极具专科特色优势的学科群，包括高难度颅底及脑干疾病治疗的颅底神经外科，以颅底、围脑干区、脊髓等高难度手术为特色的肿瘤神经外科，对儿童各类肿瘤进行个体化治疗的小儿神经外科，以肿瘤切除、动脉瘤精准夹闭、三叉神经痛等为主要特色的综合神经外科，掌握国内外最前沿的核心技术开展DBS、VNS、CEA等项目的微侵袭神经外科，利用多种监测手段开展各种脑血管病外科治疗的血管神经外科，成熟开展SEEG、全岛叶切除等高精尖手术的癫痫神经外科等。
医院在癫痫的内外科治疗、脑部肿瘤外科手术及放疗与化疗、脑血管病的内外科治疗及介入治疗、小儿神经系统疾病的内外科治疗、以手术为特点的脑瘫综合康复、系列难治性精神病的综合治疗、植物状态促醒以及脊柱疾病、关节置换、颅脑损伤合并复杂骨折和大康复治疗等方面形成了明显的特色和优势。部分特色治疗技术处于南中国乃至全国领先地位。
医院系暨南大学医学院附属脑科医院和华南师范大学附属三九脑科疾病与康复医院。医院以高素质的专业人才队伍和良好的专科基础获得广东省卫计委批准成为神经内科、神经外科、精神科、康复医学科、放射科住院医师规范化培训协同基地。医院科研方面重点对接国家脑科学研究计划，以临床开展科研，以科研促进临床，实现跨越式发展，将医院建设成为全国一流、在东南亚有重要影响力的脑专科医院。
近年来，医院多次在广东省民情调研机构的患者满意度调查中，位居全省三甲专科医院前列。医院 “新农合”病人就诊量名列省直属医疗机构第三，农民自费比例最低。医院还多次获得“省行风评议标杆单位”等代表老百姓口碑的成绩和荣誉。