广州医学院第三附属医院前身是广州市第二人民医院，创建于1899年，最早为美国基督教长老会创办的广东女医学堂及所属赠医所，后为柔济医院，是广州地区一所综合性“三级甲等”医院。医院内设有设施一流的广州市妇产科研究所、广州市重症孕产妇救治中心，医院是全国卫生系统先进单位、爱婴医院、省百家文明医院和广州市文明医院。2006年5月，广州市第二人民医院变更为广州医学院第三附属医院，同年底成立广州医学院第三临床医院。
医院座落在广州市荔湾区，毗邻风景秀丽的荔湾湖，占地总面积28385m2，医疗业务建筑面积约10万m2。现拥有各级卫生技术人员近1300名，其中副高以上职称199人，硕士生导师45人，博士生导师2人，博士硕士225人，享受国务院特殊专家津贴1人。年门诊量达100万人次，编制床位1000张，年收治住院病人逾2.5万人次。
医院拥有一批先进的医疗设备如核磁共振、螺旋CT机、ECT机、DSACRDR、C臂X光机、全国首台第三代电磁导航系统、彩色心脏腹部B超、实时三维彩色超声仪、子宫内膜微波治疗仪、体外震波碎石机、腹腔镜、小肠镜超声内镜、中央心电监护系统、全自动生化分析仪、现代化静脉配置中心等，总值逾2.3亿元，能充分适应现代临床诊治与医学研究发展的需要。
目前，医院的各专业门类设置较为齐全，设有34个临床科室和12个医技科室，开设专科门诊100多个，专家门诊150多个。妇产科是广东省卫生厅特色专科。
设在院内的广州市妇产科研究所，主要从事重症孕产妇临床救治与围产医学、生殖与遗传、妇科肿瘤及产前诊断等工作。形成重症孕产妇综合救治、人类辅助生殖、妇科肿瘤诊治、妇科腔镜及盆底诊治四大技术特色，已跨入国内先进水平，是经卫生部批准可以开展人类辅助生殖技术的广州最早的两家医院之一。广州市政府实施《中国21世纪议程广州行动方案》优先发展项目——“广州市重症孕产妇救治中心”于1998年成立并设在我院，主要负责广州地区、邻近地区甚至更远城市重症孕产妇的救治工作，为降低广州地区孕产妇死亡率和新生儿死亡率作出了贡献。
法医物证司法鉴定所2004年成立，是经司法部核准具有法医物证鉴定资格，鉴定结果具有法律效力，面向社会提供服务的司法鉴定机构。进行的业务有个体识别、亲子鉴定（包括胎儿）、性别鉴定、种族和种属认定等，使医院成为广州市第一家具有司法物证鉴定资格的医疗机构。2005年，成功申报广州市生殖与遗传重点实验室。
医院秉承“柔心济世，尚道精医”的百年传统，不断创新技术，使专业水平迈上新台阶。例如近年来妇科在广州地区率先开展子宫内膜癌及卵巢癌腹主动脉旁淋巴清扫术；开展盆底功能重建治疗；产科研制的“阴道助产仰伸掌”获得国家实用新型专利；儿科设立了广东省PICC培训基地；新生儿科开展了脐静脉置管术的配合；肿瘤科开展了实时超声引导下乳腺肿块螺旋切除术；骨外科拥有世界先进的第三代电磁导航手术系统、等离子消融等设备，微创骨科是其特色。肾脏移植技术为卫生部首批核准开展医院,已成功开展卵巢移植、肾移植、肝移植、骨髓移植、角膜移植、心脏移植、肺移植等先进的高难度手术。
医院一直致力于特色专科的建设。产科学、妇科学、骨外科学、生殖医学是医院的重点学科，新生儿科、心血管内科、器官移植科是医院的重点专科。
医院狠抓内涵建设，落实教学质量工程与保障体系，建立和完善了教学组织架构，成立了14个教研室，承担各层次的教学任务，2007年，设立博士后流动工作站，2008年医院获得美国CMB住院医师培训改革项目协作单位，成为住院医师规范化培训基地，同年医学模拟培训中心正式投入使用。
医院新住院大楼启用使医疗环境大幅改善，医院竞争力得到提升，具有一百多年悠久历史的医院正以崭新的姿态，为羊城医疗卫生事业谱写动人篇章。