一般情况下，真菌不会侵犯正常角膜，但当有眼外伤、长期局部使用抗生素、角膜炎症及干眼症等情况时，非致病的真菌就可能变为致病菌，引起角膜继发性真菌感染。常见的致病菌为曲霉菌，其次是镰刀菌、白色念珠菌、头芽孢菌及链丝菌等。真菌性角膜炎起病缓慢、病程长，病程可持续达2至3个月，常在发病数天内出现角膜溃疡。因致病菌种不同，角膜溃疡形态不一。
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