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光镜下可见肺泡腔和终末细支气管内几乎完全填充着无细胞形态的PAS染色阳性物质，肺泡和间质结构多数正常，有时肺泡间隔增宽伴有淋巴细胞浸润，少数伴纤维化形成。电镜下肺泡腔内可见髓样多层状结构，巨噬细胞胞浆内也有类似的包涵体。原发性PAP肺泡腔和远端气道PAS阳性物质较为均匀一致，而继发性PAP往往呈灶状或分布不均匀。
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