新疆兵团医院正式成立于1982年，目前已发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的省级综合性三甲医院。医院不仅承担着兵团、自治区广大人民群众保健的任务，还担负着兵团主要疑难危重疾病的诊治和突发公共卫生事件的救治任务。几十年的艰苦奋斗，兵团医院誉满天山，先后荣获全国扶残助残先进单位，全国残疾人三项康复工作先进单位，全国三甲医院感染工作先进单位，全国个性价格监测定点单位，连续五年荣获自治区药品价格定点监测先进单位一等奖、连续三年荣获乌鲁木齐市医疗保险个性定点医院和医疗保险先进单位，连续两年荣获个性商业保险定点医院,荣获兵团、乌市文明单位等荣誉称号。
改革开放使位于祖国西部边陲的新疆生产建设兵团焕发出勃勃生机，作为兵团设在乌鲁木齐市的单一一家三甲医院，在紧紧把握稳定发展主题的同时，狠抓人才培养和学科建设，形成了一支高素质的人才队伍和一批高水平的特色科室，现有国务院政府津贴专家6人，教授、副教授38名，高级职称101人，中级职称207人，硕士生导师10人，设有30多个临床、医技科室和20多个专科门诊检查、治疗处室，是石河子大学医学院第二附属医院、新疆医科大学教学医院。
“科学技术是第一生产力”。2005年，新一届领导班子组建以来，不断加大科研技术创新的力度，仅2007年就开展了26项技术，医院总收入首次突破了亿元大关。近年来，医院在国内外刊物上发表学术论文600余篇，参加国际学术会议20余次，开展新技术、新项目300多项，获得国家、自治区及兵团科技成果一、二、三等奖共40项，并设立了“兵团医院科研基金”和“兵团医院青年科研基金”项目。同时，开展的主动脉夹层支架植入术、肝脏良恶性肿瘤切除及射频治疗、胰十二指肠切除术、门脉高压症手术、肝包虫外壳剥离术、阴式微创手术-非脱垂子宫阴式切除术、绿激光治疗前列腺增生、等离子体低温组织消融术及髋、膝关节置换术、超声乳化加晶体植入术治疗白内障、特色中西医肛肠疾病的治疗、小儿麻痹矫治手术、冠状动脉搭桥术、心脏起搏器植入术、心脏瓣膜置换术、冠状动脉支架置入术、射频消融术、房间膈缺损封堵术、经尿道镜气压弹道碎石术、腹腔镜下交通支静脉结扎术、椎间盘镜微创治疗腰椎间盘突出症手术、静脉溶栓、动脉溶栓、缺血性卒中急性期病因诊断、临床分型及规范治疗、鼻窦内窥镜手术等一系列填补新疆空白的新技术、新项目。
为了拓展业务技能，提升医院的综合竞争力，医院与卫生部北京医院、北大一附院、中国医学科学院肿瘤医院、北京中日友好医院、北京广安门医院、北京阜外心血管病医院、宣武医院、北京海军总医院、山东省立医院建立了长期协作关系，并选派医护人员到协作医院进修学习，把先进的管理理念、精湛的医术和人性化的服务融入到医院的建设与发展当中，极大的提升了医院的综合竞争能力，使医院的骨科中心、泌尿外科、心血管内科、神经内科等一批重点学科迅速发展起来。
为了给各族患者提供更加全面、便捷、优质的服务，创造良好的就医环境，2008年，在国家、兵团的大力支持下，医院投资1.15个亿建成了面积为34700平方米的16层综合医疗大楼，实现了物流自动化、管理信息化、信息处理数字化，是目前兵团医疗卫生系统单位建筑面积少有、单体投资最多的项目。同时，医院把先进的医疗仪器设备作为临床技术的保障，购置了飞利浦1.5T磁共振、16排螺旋CT机、德国西门子大型C臂X光机、瑞典金宝血液透析机、美国GEDR机、GE骨密度扫描仪、GE彩超、GE钼靶乳腺机、超声乳化仪、LASERSCOPE绿激光、钬激光、日本奥林巴斯电子腹腔镜、美国罗氏E170全自动电化学发光分析仪、日本奥林巴斯2700全自动生化仪、德国人工心肺机等近千台医疗设备，全心全意服务于广大患者。
近年来，医院形成了独具特色的文化氛围，升华提炼出“团结仁爱求精创新”的医院精神，始终坚持社会效益第一，充分体现公益性的办院方向，恪守“救死扶伤”的人道主义办院宗旨，坚持医疗质量、医疗安全是医院管理的核心和生命线，努力打造一支人民满意的德技双馨的医疗技术队伍，积极创建“平安医院”、“百姓放心医院”，为新疆人民的健康保驾护航。
