医学上“疾病治愈”是指经过一系列治疗后疾病消失，患者不再需要继续治疗。如阑尾炎切除后不再复发；肺炎治疗后痊愈，不再需要治疗，除非再次患肺炎再进行治疗。甲减多数由于慢性甲状腺炎破坏了甲状腺滤泡所致，或由于甲亢经过放射碘治疗或甲状腺手术后甲状腺滤泡遭到破坏，或由于先天性甲状腺发育不全，这种甲减是由于甲状腺滤泡或甲状腺腺体受到破坏所致的，甲状腺本身无法通过代偿来修复这种破坏性损害。
所以绝大多数甲减患者需要终身通过口服甲状腺素制剂维持正常甲状腺功能。绝大多数甲减患者是不能治愈的，需要终身替代治疗。曾有人用器官移植方法治疗甲减，器官移植来源困难，需要配型，移植后成活率低，还需要终身服用免疫抑制药物，对患者健康造成很大不良影响，而甲减的药物治疗既方便又经济，只要剂量合适，没有任何不良反应，所以药物替代治疗已经成为甲减治疗的经典方法。
临床上也有因为治疗甲亢时抗甲状腺药物剂量过大或减药不及时，出现药物性甲减。这种甲减通过减药或停止服药，甲状腺功能可以恢复正常。一些甲亢患者用手术或放射碘治疗后可能出现一过性甲减，如果损害不严重，甲状腺可以通过升高TSH，刺激甲状腺滤泡增生，代偿甲状腺功能恢复正常。
这种代偿常常发生在治疗后半年内，如果半年后甲状腺功能仍然不能恢复正常，那么甲减可能需要终身药物治疗。我们在临床上还遇到一些甲状腺炎患者，如亚急性甲状腺炎、无痛性甲状腺炎、产后甲状腺炎和慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本甲状腺炎），他们的甲状腺发生炎症，甲状腺滤泡细胞膜通透性发生变化，滤泡内高浓度的甲状腺激素向低浓度的血液释放，出现一过性甲亢；随着病情缓解，滤泡内甲状腺激素减少，不能有效释放人血，临床出现一过性甲减；随着甲状腺激素重新合成释放，甲状腺功能又逐渐恢复正常，这些暂时性甲减不需终身治疗，一直随诊到甲状腺功能恢复正常为止。
临床上少数甲减患者，经过甲状腺激素替代治疗，停止服药后复査甲状腺功能正常，甚至有少数以后发生甲亢。日本学者对这些患者研究发现，甲减时，他们血中出现了抑制甲状腺功能的抗体，当这种抗体消失后，甲状腺功能恢复正常，以后机体内出现刺激性抗体时，又会发生甲亢。
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