重庆市巴南区中医院位于重庆南大门，巴南区龙洲湾街道。前身为重庆市巴县鱼洞镇卫生院，成立于1956年10月，1981年2月经四川省卫生厅批准改建成立巴县中医院;1990年经巴县人民政府批准由集体所有制单位转为全民所有制单位，1995年3月重庆市行政区划调整和巴县撤县建区，更名为重庆市巴南区中医院，1997年经重庆市中医管理局评审验收为国家二级中医院，2001年8月被重庆市卫生局批准为非营利性医疗机构，2012年6月，从鱼洞街道新市街11号搬迁至巴南区龙洲湾街道新院区。
重庆市巴南区中医院是国家二级医院;国家爱婴医院;国际质量管理认证医院;重庆市交通事故快速抢救定点医院;重庆医科大学中医药学院和重庆市护士学校教学实习医院;巴南区城乡居民合作医疗保险定点医院、城镇职工医疗保险定点医院、工伤保险定点医院、生育保险定点医院、干部保健定点医院、商业保险定点医院;巴南区中医医、教、研基地。医院编制床位270张。第三军大学附属大坪医院(创伤医院)、重庆医科大学附属第一医院是我院技术指导医院。
医院职工总人数491人，其中退休职工111人，在职职工380人(聘用职工192人)。医院卫生技术人员326人，有高级卫生专业技术人员20人，中级59人;重庆市名中医1人，巴南区名中医3人。全院职工中，具有研究生及以上学历的7人，大学学历335人。
医院本部设在龙洲湾街道，外设新市街门诊部、鱼轻路社区卫生服务中心和化龙路、百节社区卫生服务站。医院设办公室、人事科、医务科、护理部、财务科、药剂科、总务设备科、公卫科、保卫科、信息科等职能科室;门诊部设内科、外科、骨伤科、妇产科、儿科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、肛肠科、针灸理疗康复科、中西结合科等临床科室和检验、放射、特检等医技科室，年门诊15万人次。住院部设内科、外科、骨伤科、妇产科、肛肠科、儿科、针灸理疗康复科、惠民病房八个病区，实际开放床位460张，年收治住院病人8000余人次，手术1500台次以上。
院本部龙洲湾院区占地面积30亩，房屋建筑面积21585平方米，配备了一大批先进医疗设备。如西门子16排螺旋CT、800个测试的东芝全自动生化分析仪、罗氏全自动化学发光仪、GE三维彩超等，以及骨质疏松治疗仪、中药熏蒸治疗仪、电针仪、微波治疗仪、肌力精细运动训练系统等中医诊疗设备。投入数百万元打造手术室，设置了层流手术室、百级、千级、万级净化手术间，配备了高倍手术显微镜、腹腔镜、膀胱镜、输尿管镜、气压弹道碎石机、进口麻醉机、多功能循环监护仪、微电脑麻醉输液泵等一流设备，高档、完善的医疗设备，为高效、准确的诊断治疗提供了强有力的保障，为现代化中医院建设提供了强有力的物质支撑。同时，光线明亮的候诊厅、宽敞的医院走廊、配设完善的辅助检查科室，配备空调、24小时供应热水的住院病房，宁静优美的医院环境等，让前来就诊的群众享受最优质的医疗服务。
医院内、外、妇、儿等各科的日常医疗、应急救治快速安全，保障有力。我院中医治疗特色明显，运用中医、中西医结合的方法诊治内、外、妇、儿等各科常见病、多发病、疑难病症，疗效独到。我院的针灸理疗康复科和骨伤科被国家中医药管理局确定为重点专科建设项目，是中医院管理局认定的特色专科，骨伤科坚持中医药传统正骨疗法和西医手术治疗相结合，配合中医内服外敷的药物治疗，对各种骨折、骨伤、关节置换等，临床经验丰富，疗效显著，不少项目处于巴南区同行领先水平;我院针灸理疗康复科，配备了超声波治疗仪、电针仪、电磁波治疗仪、颈腰椎牵引床等先进的中医诊疗设备，开展了针刺、电针、推拿、火罐等20多种独具特色的中医治疗。对腰椎间盘突出症、反复感冒、风湿和类风湿病、月经不调、腱鞘炎、带状疱疹、小儿厌食症等内、外、妇、儿科疾病具有较好疗效。儿科、肛肠科、妇产科、皮肤科为我院的特色科室，中医药治疗项目丰富，效果显著。肛肠科运用中医、中西医结合的方法，开展肛肠科常见病、多发病、疑难病症的诊断及手术治疗，作用好，痛苦轻、痊愈快，效果佳;皮肤科运用中医中药，对顽固性、损美性皮肤病，治疗效果好，特别是本科的中医美容、中药药浴项目，在发挥中医中药的特色和优势的同时，也在临床运用中取得极佳效果;妇产科擅长用中医辨证论治的方法诊治妇女的经、带、胎、产、杂病，并将中医传统的熏、洗、服、敷同腹腔镜、阴道镜、Leep刀、近红外微波治疗等现代医疗设备相结合，形成了自己的特色，积累了许多成熟的经验;儿科拥有扎实的理论基础和丰富的临床经验，能熟练处理儿科多发病、常见病及抢救各种急危重症患儿，尤其擅长中西医结合治疗病毒性心肌炎、哮喘、川崎病、传染性单核细胞增多症、过敏性紫癜等疾病，其自主研创的中药雾化治疗呼吸道疾病疗效显著。西医医疗开展头、胸、腹、骨、关节等大中型手术及腔镜胆囊切除术、肝囊肿开窗引流术、肾囊肿开窗引流术、阑尾切除术、气压弹道碎石、保胆取石术等微创手术，部分西医技术项目处于本地区同行领先水平。