广州医科大学附属第三医院座落于广州西关的繁荣市区，毗邻广州著名风景点——荔枝湾，创办于1899年12月12日，迄今已有110多年的历史。医院前身为美国基督教长老会创办的广东女医学堂及所属赠医所，后更名为柔济医院。1953年医院由广州市人民政府接管，定编为广州市第二人民医院，2006年转为广州医学院第三附属医院。2013年6月，随着广医更名为广州医科大学，我院正式更名为广州医科大学附属第三医院，医院的发展迎来了一个新的起点。
110多年的发展历程，使医院积淀了坚实的基础，如今已成为广州西部地区集医疗、教学、科研、预防、保健于一体的，拥有先进设备、优秀技术人才的大型三级甲等综合性医院。目前，医院有各级卫生技术人员1500多人，其中高级技术人员341人，具有硕士学位以上的专业技术人员347人;现有床位1000张，年门诊量约141万人次，年收治住院病人约3.5万人次;拥有一批先进的医疗设备，如3.0T核磁共振成像系统、螺旋CT机、SPECT-CT、平板C臂数字减影X线机、实时三维彩超、全自动生化分析仪等，能充分满足现代临床诊疗需求和适应医学研究发展的需要。
医院具有完善的医疗质量管理与患者安全管理体系，医疗质量与技术服务能力深受市民广泛认同与赞誉。形成了与广州市社会急救医疗联动的救治网络和社区转诊体系。近年，医院在持续改进医疗服务质量的同时，深入开展了人文医学医师执业技能培训。
医院一直致力于学科建设。妇产科是我国最早的妇产科临床医疗、教学基地之一，由享有有“梁”北“林”美誉之称的著名妇产科专家梁毅文博士创建，产科学现为国家临床重点专科，妇产科学现为广东省重点学科、广东省卫生厅重点学科、特色专科、广州市重点学科;新生儿科、临床护理相继成为广东省临床重点专科;全科医学被评为广东省优势特色重点学科、广州市重点学科;中医科荣获“2012年全国综合医院中医药工作示范单位”。临床医学是广东省攀峰重点学科。
1989年，广州市人民政府在医院设立广州市妇产科研究所，以重症孕产妇临床救治与围产医学、生殖与遗传、妇科肿瘤为三大研究方向，形成重症孕产妇综合救治、人类辅助生殖、妇科肿瘤诊治、妇科腔镜及盆底诊治四大技术特色。历经多年发展，2005年妇研所实验室成为“广州市生殖与遗传重点实验室”，2011年被评为“广东省产科重大疾病重点实验室”、“广东省教育系统生殖与遗传重点实验室”，将在产科多器官功能障碍机制与救治、遗传病致病基因研究与干预、辅助生殖技术安全性机理等三大领域开展深度研究。
我院是国内首批获得卫生部人类辅助生殖技术准入的单位之一。1989年9月，广东省第一例和第二例试管婴儿先后在我院诞生;2003年，我院成为广东省率先开展辅助生殖技术的三家单位之一 ;2012年12月，联合申报的“广东省生殖医学重点实验室”正式被确定为广东省重点实验室建设项目。2012年4月，我院新的生殖医学中心正式启用，是集导医、挂号服务、药房、检验、抽血、注射、临床诊疗、手术室和实验室为一体的环境一流、装修舒雅、以新型医疗服务为理念的特色中心。
1998年，我院获批成立广州市重症孕产妇救治中心，是华南地区成立最早、网络覆盖最广、技术最雄厚的孕产妇救治中心，重症产妇抢救成功率高达98%，为降低孕产妇及新生儿死亡率作出了突出的贡献。
2004年，我院成立了法医物证司法鉴定所，开展个体识别、亲子鉴定(包括胎儿)、性别鉴定等，使医院成为广州市首家具有法医物证司法鉴定资格的医疗机构。2011年，成为了广州市单一类别鉴定机构中首家获得省司法厅推荐而接受国家级资质认定和认可的鉴定所。
此外，我院骨科、器官移植科是广州市卫生局重点专项;产科学、生殖医学、新生儿科、护理学是医院的重点学科;骨科学、妇科学、心血管内科、重症医学、神经内科学、内分泌内科学、泌尿外科学、神经外科学、中医学、临床药学、放射医学等是医院特色学科。
2006年，医院成为广州医学院直属附属医院，并成立广州医学院第三临床学院。医院狠抓内涵建设，落实教学质量工程与保障体系，建立和完善了教学组织架构，成立了17个教研室，承担各层次的教学任务。1998年，成为广州医学院硕士研究生授予点。2007年，设立博士后流动工作站。2008年医院获得美国CMB住院医师培训改革项目协作单位，成为住院医师规范化培训基地，同年医学模拟培训中心正式投入使用，培养高素质医学精英。
近年来，医院不断深化服务内涵，加强医院管理，先后获得“全国卫生系统先进单位”、“百家文明医院”、“广州市文明服务示范单位”等各种国家、省、市荣誉称号，在近几年广东省省情调查中心组织的“全省三甲医院服务满意度调查”中，我院多项指标一直名列前茅。