温州市红旗医院成立于上世纪五十年代，原址位于鹿城区百里西路，因旧城改建，现已迁至温州大道站前商厦东楼。医院门诊大楼共有7层，面积近万平方米，核定床位150张。现有医护人员120人，其中副高级职称以上占25%。
上世纪70年代，温州市红旗医院被温州市人民政府列为收治肝炎病人的传染病收治定点医院，肝病科得到重点发展，形成了“看肝病、到红旗”的良好口碑，名扬整个浙南地区。受地址搬迁影响，医院曾经歇业一年多，致使一些技术人才流失。2004年，医院引进现代管理模式，从全国各地招聘了一批学科带头人，医院现在技术力量雄厚，设施配套齐全。目前已成为一家集医疗、预防、保健、康复、计划生育技术服务为一体的政府办非营利性二级综合医院；开设有肝病科、泌尿外科、妇科、产科、胃肠科、肛肠科六大重点专科在内的20余个专业学科。
近年来，在温州市委市政府的大力支持下，温州市红旗医院加大资金投入，先后引进肝病治疗仪、CRS2280D精锐型体外短波电容场热疗系统、美国真彩影视电子阴道镜、OKW微波治疗机、美国ZZ-Ⅱ型肛肠综合治疗仪、YS-Ⅲ妇产科电脑综合治疗仪等一批先进医疗设备。在不断完善内部硬件设施的同时，温州市红旗医院对外加强与各级医学机构的交流，已成为中华医院管理学会会员单位，强强联合成立了上海市肝病研究中心温州分中心，荣获“全国百姓放心医院”、“中国诚信医院”等多项荣誉称号。
温州市红旗医院于1956年经市政府批准设立，属政府办非营利性二级综合医院。
2004年因旧城改建，搬迁至火车站对面，温州市红旗医院新院址交通便捷、设施齐全、环境优美、服务一流。医院门诊大楼共有7层，面积近万平方米，核定床位150张。现有医护人员120人，其中副高级职称以上占25%。医院集医疗、预防、保健、康复、计划生育技术服务为一体；开设有肝病科、泌尿外科、妇科、产科、胃肠科、肛肠科六大重点专科在内的20余个专业学科。
在市政府、市卫生局的号召下，温州市红旗医院走技术高端、平价医疗的道路，是目前单一一家每月10、20日为全民医疗半价活动的医院。